人民解放军水师和空军正式作为一个军种创立后，并没有本身单独的军种旗，而是利用全军统一的“八一”军旗。其时新生的人民水师除了“八一”军旗，还曾有舰首(艏)旗。1950年4月23日，南京长江草鞋江面进行了华东军区水师创立一周年庆典暨兵舰定名授旗仪式，华东军区水师司令员张爱萍将定名状、军旗、舰艏旗谨慎地授予各舰舰长、政委。
1950年4月华东军区水师舰首旗(舰艏旗)
舰艏旗为红底，正中为“八一”军徽，红底中央为蓝色横条，代表海洋。
改良开放以来，跟着我军对外军事来往的增多，在迎接外军军种率领人的典礼中，也是利用八一军旗，规格偏高，而以国旗代也不符合。这就急切需要有相应的军种军旗。1991年5月中央军委常委会提出要尽快研究，设计建造陆军军旗、水师军旗、空军军旗，作为迎外利用。
1992年9月5日，中央军事委员会宣布呼吁，发布了中国人民解放军仪仗队利用的陆军、水师、空军军旗样式。三军军旗旗幅的上半部(占旗面的八分之五)均保持中国人民解放军军旗根基样式，正赤色旗面，上有金黄色五角星和“八一”字样;下半部(占旗面的八分之三)区分军种：
陆军为草绿色旗面，象征故国瑰丽、富足的绿色大地。陆军军旗暗示：陆军是中国人民解放军的构成部门，为守卫社会主义故国河山安详而英勇战斗，所向无敌。
水师为横向的海蓝色和白色条纹相间，象征故国蓝色海域。水师军旗暗示：水师是中国人民解放军的构成部门，为守卫社会主义故国的万里海域乘风破浪，勇往直前。
空军为天蓝色，象征广漠的天空。空军军旗暗示：空军是中国人民解放军的构成部门，为守卫社会主义故国的神圣领空展翅遨游，搏击长空。
军种旗的利用，使我军的军旗成系列，越发完备。
2015年12月31日，中国人民解放军器箭军正式创立，成为与陆、海、空军并列的军种，并启用火箭军军旗。火箭军军旗上半部与陆、海、空军旗一样，下半部为金黄色，象征导弹发射时的火焰。
2018年1月10日，中央军委在北京八一大楼进行了向中国人民武装警员队伍授旗典礼。武警队伍旗从规格、图案上与中国人民解放军各军种旗属同一系列，旗的上半部保持八一军旗样式，寓意武警队伍降生于人民部队的摇篮，传承着赤色基因，暗示武警队伍是党率领的人民武装气力的构成部门。下半部镶嵌三个深橄榄绿条，代表武警队伍担负维护国度政治安详和社会不变、海上维权法律、防卫作战三类主要任务及气力组成。
中国人民解放军四雄师种军旗和中国人民武装警员队伍旗
中国人民解放军陆军军旗
中国人民解放军水师军旗
中国人民解放军空军军旗
中国人民解放军器箭军军旗
中国人民武装警员队伍旗
军旗利用划定不绝完善
自1949年6月颁布军旗式样呼吁后，跟着中国人民解放军《内务条令》《规律条令》《行列条令》的多次修订和增补，我军军旗制度也日趋完善。1978年6月17日，中央军委揭晓《关于军旗问题的若干划定》，涉及了军旗的意义、授予权限、保管和利用等内容。这是1949年我军颁布八一军旗以来，第一次对军旗作出专门性的划定。
一、军旗式样：中国人民解放军军旗的式样，凭据经中国革命军事委员会主席1949年6月15日核准宣布的中国人民解放军军旗式样《呼吁》执行。
二、授旗范畴：凡组建团(相当团)以上队伍和院校，均授予军旗一面。各级构造和人武部以及医院、客栈等其它直属单元不授予军旗。
三、授旗典礼：军旗的授予可在本单元创立大会或授旗大会上，由上级首长或代表授予之。
四、军旗制发：军旗由总后勤部统一制做，由各军区、军兵种后勤部认真发放。水师舰艇军旗，仍由水师按原划定自行制发。
五、军旗利用：军旗主要用于介入仪式、校阅、谨慎会议、游行等机缘，由掌旗员掌持军旗，阁下各一名护旗兵，位于队伍的先头，掌旗员和护旗兵，应挑选优秀的干部、战士兼任，平时应举办持旗、护旗等练习。
六、军旗保管：军旗由各级司令部指定专人认真保管，常常晾晒。如因军旗利用过久褪色或霉污、虫蛀时，经军区、军兵种司令部核准，可换发新军旗。