国外分析家认为Linux和Windows二个系统最终会走向互操作之路。目前Novell与微软的互操作很成功，Novell切实在与微软互操作后得到丰厚的收益和效果，增强了Novell在企业市场上的威望和实力，更多的Linux提供商基于压力也会向与微软互操作这边靠拢，如RedHat，Ubuntu等。
如果互操作成为现实并大力发展时就是Linux安全的末日，更多目前仅针对于Windows的病毒木马等有害程序也会被传染到Linux下，Linux安全的传说将告结束。
凡事都有利弊，当年的Windows 95也没听说有多少病毒，现在一小心就感染到，原因就是Windows太普及了，如果不互操作Windows病毒想移植到Linux下是不可能的。现在跨平台病毒出现的机率很小，研发难度大。但互操作后这一切都将发生变化。