MYISAM和INNODB是Mysql数据库提供的两种存储引擎。两者的优劣可谓是各有千秋。INNODB会支持一些关系数据库的高级功能，如事务功能和行级锁，MYISAM不支持。MYISAM的性能更优，占用的存储空间少。所以，选择何种存储引擎，视具体应用而定：
1）如果你的应用程序一定要使用事务，毫无疑问你要选择INNODB引擎。但要注意，INNODB的行级锁是有条件的。在where条件没有使用主键时，照样会锁全表。比如DELETE FROM mytable这样的删除语句。
2）如果你的应用程序对查询性能要求较高，就要使用MYISAM了。MYISAM索引和数据是分开的，而且其索引是压缩的，可以更好地利用内存。所以它的查询性能明显优于INNODB。压缩后的索引也能节约一些磁盘空间。MYISAM拥有全文索引的功能，这可以极大地优化LIKE查询的效率。
有人说MYISAM只能用于小型应用，其实这只是一种偏见。
如果数据量比较大，这是需要通过升级架构来解决，比如分表分库，而不是单纯地依赖存储引擎。
现在一般都是选用innodb了，主要是myisam的全表锁，读写串行问题，并发效率锁表，效率低myisam对于读写密集型应用一般是不会去选用的。
关于Mysql数据库默认的存储引擎：
MyISAM和InnoDB是MySQL的两种存储引擎。
如果是默认安装，那就应该是InnoDB，你可以在my.cnf文件中找到default-storage-engine=INNODB；
当然你可以在建表时指定相应的存储引擎。
通过show create table xx 可以看见相应信息。
Mysql中InnoDB和MyISAM的比较1）MyISAM：
每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。
MyISAM表格可以被压缩，而且它们支持全文搜索。不支持事务，而且也不支持外键。如果事物回滚将造成不完全回滚，不具有原子性。在进行updata时进行表锁，并发量相对较小。如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小
MyISAM缓存在内存的是索引，不是数据。而InnoDB缓存在内存的是数据，相对来说，服务器内存越大，InnoDB发挥的优势越大。
优点：查询数据相对较快，适合大量的select，可以全文索引。
缺点：不支持事务，不支持外键，并发量较小，不适合大量update
2）InnoDB：（参数说明：Mysql存储引擎之Innodb重要参数说明）
这种类型是事务安全的。.它与BDB类型具有相同的特性,它们还支持外键。InnoDB表格速度很快。具有比BDB还丰富的特性,因此如果需要一个事务安全的存储引擎，建议使用它。在update时表进行行锁，并发量相对较大。如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。
优点：支持事务，支持外键，并发量较大，适合大量update
缺点：查询数据相对较快，不适合大量的select
对于支持事物的InnoDB类型的表，影响速度的主要原因是AUTOCOMMIT默认设置是打开的，而且程序没有显式调用BEGIN 开始事务，导致每插入一条都自动Commit，严重影响了速度。可以在执行sql前调用begin，多条sql形成一个事物（即使autocommit打开也可以），将大大提高性能。
基本的差别为：
MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。
MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持已经外部键等高级数据库功能。