Linux 上的科学图像处理(2)

图 8. 包含了已知最小点总览清单的输出结果。

图 8. 包含了已知最小点总览清单的输出结果。

当你有一个分析程序可以工作于给定图片类型,你通常需要将相同的步骤应用到一系列图片当中。这可能数以千计,你当然不会想对每张图片手动重复操作。这时候,你可以集中必要步骤到宏,这样它们可以被应用多次。点击插件->“Macros”->“Record”,弹出一个新的窗口记录你随后的所有命令。所有步骤完成,你可以将之保存为一个宏文件,并且通过点击“Plugins”->“Macros”->“Run”来在其它图片上重复运行。

如果你有非常特定的工作步骤,你可以简单地打开宏文件并手动编辑它,因为它是一个简单的文本文件。事实上有一套完整的宏语言可供你更加充分地控制图片处理过程。

然而,如果你有真的有非常多的系列图片需要处理,这也将是冗长乏味的工作。这种情况下,前往“Process”->“Batch”->“Macro”,会弹出一个你可以设置批量处理工作的新窗口(图 9)。

图 9. 对批量输入的图片用单一命令运行宏。

图 9. 对批量输入的图片用单一命令运行宏。

这个窗口中,你能选择应用哪个宏文件、输入图片所在的源目录和你想写入输出图片的输出目录。也可以设置输出文件格式,及通过文件名筛选输入图片中需要使用的。万事具备之后,点击窗口下方的的“Process”按钮开始批量操作。

若这是会重复多次的工作,你可以点击窗口底部的“Save”按钮保存批量处理到一个文本文件。点击也在窗口底部的“Open”按钮重新加载相同的工作。这个功能可以使得研究中最冗余部分自动化,这样你就可以在重点放在实际的科学研究中。

考虑到单单是 ImageJ 主页就有超过 500 个插件和超过 300 种宏可供使用,简短起见,我只能在这篇短文中提出最基本的话题。幸运的是,还有很多专业领域的教程可供使用,项目主页上还有关于 ImageJ 核心的非常棒的文档。如果你觉得这个工具对研究有用,你研究的专业领域也会有很多信息指引你。

作者简介:

Joey Bernard 有物理学和计算机科学的相关背景。这对他在新不伦瑞克大学当计算研究顾问的日常工作大有裨益。他也教计算物理和并行程序规划。

via: https://www.linuxjournal.com/content/image-processing-linux

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