Ubuntu下安装openslide

跑全扫描图像需要用到openslide这个包，底层是用C语言写的，这里是openslide-python的安装以及详解点击打开链接

首先下载openslide-matlab的包，github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab

解压 用matlab运行openslide_load_library.m这个文件，我出现了这个错误

libopenslide.so.0 not available on the MATLAB path\n 

解决办法

首先在终端找到libopenslide.so.0这个文件

locate libopenslide.so.0

于是能得到文件的位置

我的位置是在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0

如果找不到，直接在linux系统文件夹里搜索也行

然后将openslide_load_library.m中的第45行的

libName = libopenslide.so.0 改成

libName =('/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0');

然后继续运行openslide_load_library.m这个文件，可能又出现类似的错误，怒了，matlab的which（）这个语句不咋地，

将下面一行的 which（libName）直接改成

'/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0'

然后继续运行openslide_load_library.m这个文件

openslide.h not available on the MATLAB path这个错误

继续在终端运行

locate openslide.h

这时候应该能发现openslide.h文件在的位置，

同样如果找不到，直接在linux系统文件夹里搜索也行

将第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');这一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

目前安装就已经结束了，但是我出现了一个问题

我的机器里没有openslide.h这个文件，locate找不到位置，思前想后，可能我在安装openslide-python的时候是用命令安装的，所以找不到这个文件

重新安装openslide-python这个包，下载地址

下载的是3.4.1，根据readme显示

首先得安装一些必要的库，避免一些不必要的麻烦，无论有用与否

1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev
2. sudo apt-get install openslide-tools
3. sudo apt-get install python-openslide
4. sudo apt-get install python3-openslide

cd openslide-3.4.1/ sudo ./configure

会检查一些需要的库，我缺少了openjpeg这个库，安装指南https://github.com/uclouvain/openjpeg/blob/master/INSTALL.md
首先得下载https://github.com/uclouvain/openjpeg/releases/tag/v2.1.2

然后根据安装指南 切记下载 Source code (tar.gz)

To build the library, type from source tree directory:

mkdir build cd build cmake .. make

Binaries are then located in the 'bin' directory.

To install the library, type with root privileges:

make install make clean

To build the html documentation, you need doxygen to be installed on your system.It will create an "html" directory in TOP_LEVEL/build/doc)

make doc

然后再

cd openslide-3.4.1/ sudo ./configure

提示缺少No package 'sqlite3' found
安装splite3

sudo apt-get install sqlite sqlite3

然后就ok了，这时候再locate openslide.h就能发现位置了，我的位置是在

/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h

然后更改openslide_load_library.m

将第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');这一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

再运行openslide_load_library.m就OK了

可以尝试运行openslide_example.m 不报错就可以了，祝好运。