Linux文件系统和目录树“居住”在磁盘分区中，在目录树这个层面，我们几乎察觉不到磁盘分区的存在。目录树可以分为小的部分，每个部分可以在自己的磁盘或分区上。
1. /根目录
根目录一般不包含任何文件，除了可能的标准的系统引导镜像，通常叫做/vmlinuz。其他所有的文件都在根目录的子目录中。
/bin 引导启动所需的命令或普通用户可能用的命令（可能引导启动后）
/sbin 类似/bin，但不给普通用户使用，虽然如果必要且允许时可以使用
/etc 特定机器的配置文件
/root root用户的家目录
/lib 根文件系统上程序所需的共享库
/lib/modules 核心可加载模块，特别是那些恢复损坏系统是引导所需的（例如网络和文件系统驱动）
/dev 设备文件
/tmp 临时文件。引导启动后运行的程序应该使用/var/tmp,而不是/tmp,因为前者可能在一个拥有更多间的磁盘上。
/boot 引导加载器（bootstraploader）使用的文件，如LILO、grub。 核心映像也经常在这里，而不是根目录。要确保核心映像必须在IDE硬盘的前1024柱面内。
/mnt 系统管理员临时mount的挂载点。程序不会自动安装到/mnt。
2. /etc 目录
/etc目录包含很多文件。许多网络配置文件也在/etc中。
/etc/rcor,/etc/rc.dor,/etc/rc*.d 启动或改变运行级别时运行的scripts或scripts的目录。
/etc/passwd 用户数据库，其中给出了用户名、真实姓名、家目录、加密的口令和用户的其他信息。
/etc/fdprm 软盘参数表。说明不同的软盘格式，用setfdprm设置。
/etc/fstab 启动时mount -a 命令自动mount的文件系统列表。在linux下，也包括swapon -a 启动的swap区信息。
/etc/group 系统用户组文件
/etc/inittab init的配置文件
/etc/issue getty在登录提示符前的输出信息。通常包括系统的一段短说明信息或欢迎信息。
/etc/magic file命令的配置文件。包含不同文件格式的说明，file命令基于它猜测文件类型
/etc/motd Message Of The Day，成功登录后自动输出。内容由系统管理员确定。它经常用于通告信息，如计划关机时间的警告。
/etc/shadow 安装了影子口令软件的系统上的影子口令文件。影子口令文件将/etc/passwd文件中的加密口令移动到/etc/shadow中，后者只对root可读。
/etc/login.defs login命令的配置文件
/etc/printcap 类似/etc/termcap，但是针对打印机，语法不通。
/etc/profile,/etc/csh.login/,/etc/csh.cshrc 登录或启动时Bourne或Cshells执行的文件。为所有用户建立全局默认环境。
/etc/securetty 确认安全终端，即那个终端允许root登录。一般只列出虚拟控制台，这样就不可能（至少很困难）通过modem或网络闯入系统，并得到超级用户特权。
/etc/shells 列出可信任的shell。chsh命令允许用户在本文件指定范围内改变登录shell。FTP服务进程也检查用户的shell是否列在/etc/shells文件中，如果不是，就不允许该用户登录。
/etc/termcap 终端性能数据库。说明不同的终端用什么“转义序列”控制。写程序时不直接输出转义序列（这样只能工作与特定品牌的终端），而是从/etc/termcap中查找要做的工作的正确序列。
3. /dev 目录
/dev目录包括所有设备的设备文件。设备文件用特定的约定命名。
4. /usr 目录
/usr文件系统���常很大，因为所有的程序都安装在这里。 本地安装的程序和其他东西在/usr/local下。
/usr/bin几乎所有用户命令。有些命令在/bin或/usr/local/bin中。
/usr/sbin 根文件系统不必要的系统管理命令，例如多数服务程序
/usr/man,/usr/info,/usr/doc 手册页、GNU信息文档和其它文档
/usr/include C语言的头文件。为了一致性，这实际上应该在/usr/lib下，但因为一些历史原因而位于这里。
/usr/lib 程序或子系统不变的数据文件，包括一些site-wide配置文件。lib=library，编程的原始库在这里。
/usr/local 本地安装的软件和其它软件。
5 /var 目录
/var 包括系统运行时经常改变的数据。不与其他计算机共享。
/var/lib 系统正常运行时要改变的文件。
/var/local 存放/usr/local中安装的程序的可变数据。注意：如果必要，即使本地安装的程序也会使用其他/var目录，例如/var/lock。