Java语言相比PHP有明显的优势，Java使用的是面向对象的系统设计方法，而PHP还是采用面向过程的开发方法。PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA可以实现多层架构。数据库层（持久化层）、应用（业务）逻辑层、表示逻辑层彼此分开，而且现在不同的层都已经有一些成熟的开发框架的支持。例如Struts就是利用Java的web开发技术实现了MVC的设计模式，而在业务逻辑层也有Spring框架，数据库持久化层有Hibernate等框架。这些框架可以方便开发者高效、合理、科学得架构多层的商业应用。
五、数据库访问速度比较
Java通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库。访问数据库的接口比较统一。
PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。例如：用Java开发的Web应用从MySQL数据库转到Oracle数据库只需要做很少的修改，而PHP则需要做大量的修改工作。
从数学运算和数据库访问速度来讲，Java的性能也优于PHP。实际上，对于跨平台的大型的企业应用系统来讲，Java几乎已经成为唯一的选择（微软.NET不支持跨平台），但是在于Web网站应用开发来讲，Java却面临着被PHP边缘化的危险，几乎所有的虚拟主机都支持PHP+MySQL，而支持Java的却少之又少，在资源上，网上有不计其数的PHP资源，很多著名的大型网站（例如Facebook、Mediawiki等）都是基于PHP的，而成功的Java网站却寥寥无几。
尽管Java的数学计算和数据库访问都有优势，架构也相当完美，但是PHP却可以简单轻松地支持高强度Web访问，能够快速开发应用，支持PHP的虚拟主机多如牛毛，使得用PHP开发一个网站比用Java开发一个网站要快得多，容易的多。Java所拥有的优点只适合传统的以软件项目为核心的开发模式，而PHP更适合于以客户为核心的SaaS的开发模式，因此，PHP目前在Web网站开发的优势完全是因为Web网站开发的特殊性而导致的，并非编程语言特性所决定。
六、开发成本比较
PHP最经典的组合就是：PHP + MySQL + Apache。非常适合开发中小型的Web应用，开发的速度比较快。而且所有的软件都是开源免费的，可以减少投入。
Java的Web应用服务器有免费Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商业化的服务有：Web Sphere和 Web logic。
七、源代码安全
PHP开发的程序的源代码都是公开的，他人拿到php开发的程序后都可以进行修改。
Java开发的程序，最后用户拿到的是只是一些编译好的class类，无法看到完整的源代码，安全性高。