CFS 和 TCFS 通过 NFS 客户/服务器模型来提供加密服务，只使用了 DES 算法来加密文件内容。这两种文件系统主要的缺点在于：难于使用、共享加密文件非常困难、用户不能选择加密算法、交换区或临时文件可能会泄漏明文以及性能较差等等。
Waycryptic 是一个堆叠式加密文件系统，通过修改 Linux 内核的虚拟文件系统层（VFS）来提供加密及解密的功能。Waycryptic 使用两种算法来加密文件：加密文件内容使用对称密钥算法，如AES，密钥随机产生；同时使用一种公开密钥算法，如RSA，加密刚才提及的密钥。这种综合两种加密算法的方式既保证了加密/解密的速度，又极大地提高了安全性。同时Waycryptic允许加密文件方便安全地在多个用户间共享；为了应对密钥的丢失，Waycryptic允许用户指定别的帐号来恢复文件。但是 Waycryptic 主要是一个研究项目，比较适合个人单机使用，无法满足企业或需要更高安全级别的用户的需求。
Windows EFS（Encrypting File System） 是对 NTFS 文件系统的功能扩充，可以方便地加密 NTFS卷上的文件或目录。Windows EFS 简单易用，功能强大，不足之处在于只能在 Windows 操作系统的 NTFS 卷上才能使用，文件内容使用的加密算法比较单一。此外，如果事先没有备份证书的话，一旦重装系统就无法再访问加密文件。
使用 eCryptfs eCryptfs 简介eCryptfs 是在 Linux 内核 2.6.19 版本中引入的一个功能强大的企业级加密文件系统，堆叠在其它文件系统之上（如 Ext2, Ext3, ReiserFS, JFS 等），为应用程序提供透明、动态、高效和安全的加密功能。
本质上，eCryptfs 就像是一个内核版本的 Pretty Good Privacy（PGP）[3] 服务，插在 VFS（虚拟文件系统层）和 下层物理文件系统之间，充当一个“过滤器”的角色。用户应用程序对加密文件的写请求，经系统调用层到达 VFS 层，VFS 转给 eCryptfs 文件系统组件（后面会介绍）处理，处理完毕后，再转给下层物理文件系统；读请求（包括打开文件）流程则相反。
eCryptfs 的设计受到OpenPGP 规范的影响，使用了两种方法来加密单个文件：
eCryptfs 先使用一种对称密钥加密算法来加密文件的内容，推荐使用 AES-128 算法，密钥 FEK（File Encryption Key）随机产生。有些加密文件系统为多个加密文件或整个系统使用同一个 FEK（甚至不是随机产生的），这会损害系统安全性，因为：a. 如果 FEK 泄漏，多个或所有的加密文件将被轻松解密；b. 如果部分明文泄漏，攻击者可能推测出其它加密文件的内容；c. 攻击者可能从丰富的密文中推测 FEK。
显然 FEK 不能以明文的形式存放，因此 eCryptfs 使用用户提供的口令（Passphrase）、公开密钥算法（如 RSA 算法）或 TPM（Trusted Platform Module）的公钥来加密保护刚才提及的 FEK。如果使用用户口令，则口令先被散列函数处理，然后再使用一种对称密钥算法加密 FEK。口令/公钥称为 FEFEK（File Encryption Key Encryption Key），加密后的 FEK 则称为 EFEK（Encrypted File Encryption Key）。由于允许多个授权用户访问同一个加密文件，因此 EFEK 可能有多份。
这种综合的方式既保证了加密解密文件数据的速度，又极大地提高了安全性。虽然文件名没有数据那么重要，但是入侵者可以通过文件名获得有用的信息或者确定攻击目标，因此，最新版的 eCryptfs 支持文件名的加密。
eCryptfs 使用方法eCryptfs 需要相应的内核模块和用户态的工具同时配合使用。用户态的工具可以从 https://launchpad.net/ecryptfs 获得，使用 Debian 或 Ubuntu 系统的用户，用 apt-get 命令安装 ecryptfs-utils 包即可。如果用户自行编译内核，则需要如下选项：
清单 1. 使用 eCryptfs 所需的内核选项General setup ---> [*] Prompt for development and/or incomplete code/drivers File systems ---> Miscellaneous filesystems ---> <M> eCrypt filesystem layer support (EXPERIMENTAL) Security options ---> <M> Enable access key retention support Cryptographic API ---> <M> MD5 digest algorithm <M> AES cipher algorithms
首先需要加载 eCryptfs 内核模块，执行modprobe ecryptfs。然后将 eCryptfs 挂载到准备存放加密文件的目录，执行 sudo mount -t ecryptfs real_pathecryptfs_mounted_path。推荐ecryptfs_mounted_path 和 真实目录 real_path 一致，这样非授权用户不能通过原路径访问加密文件。
图 1. eCryptfs 挂载结果