重新安装了GitLab5.4 发现和升级过来的5.4不大一样（ GitLab迁移 见 ），很奇怪。
从旧的GitLab迁移代码过来后，发现git clone被拒绝。查了一下原因，应该是gitlab-shell的配置问题：
首先把config.yml中的http修改为https
# Url to gitlab instance. Used for api calls. Should be ends with slash.
gitlab_url: "https://localhost/"
然后把self_signed_cert设置为true
self_signed_cert: true
之后在/home/git/gitlab目录下运行检测命令：
sudo -u git -H /home/git/gitlab-shell/bin/check
看到下面的通过信息就行。
Check GitLab API access: OK
Check directories and files:
/home/git/repositories: OK
/home/git/.ssh/authorized_keys: OK
You have new mail in /var/mail/root
再次clone，成功。