在Zeus目录中，打开builder文件夹，运行builder
选择edit config，编辑config文件，主要更改4个IP地址，改成你控制端所在主机的地址，就是上文配置LAMP环境，有控制面板的那个主机的IP地址，这样僵尸机会按照这个地址向控制端，即黑客发送信息，这样你就能在控制面板(cp.php)中收到僵尸机的信息。
修改完毕后，保存，分别点击build config和build loader，会生成config.bin和一个exe程序，将config.bin复制到上文中/var/www下，而exe文件即是一个木马，用来感染目标主机，运行后，会将一段恶意代码注入到系统svchost进程中，注入完毕后，目标主机会变为僵尸机，控制端会收到报告，之后点击报告选create new script就可以向僵尸机发送控制指令了。Zeus支持的所有指令罗列在system/botnet_scripts.php文件中。
另：Zeus2.0.8.9版本的exe是注入到explorer.exe进程中，其所支持的指令也可以在源代码中查看到