我的情况是，安装Ubuntu 12.04的时候，U盘忘记拔出来，导致U盘分为两部分，一部分是NTFS，一部分是Linux类型，下面是解决方法：
使用的是linux中的fdisk命令，需要以root身份登录，相关请参考Ubuntu开启root用户及切换用户命令
1.切换至根目录，输入命令：fdisk -l ，显示出磁盘情况及个数
2.找到移动磁盘，类似/dev/sdb，对其开始分区，命令：
fdisk /dev/ sdb
Command (m for help): d 注：执行删除分区指定；
Partition number (1-6): 6 注：我想删除 sda6 ，就在这里输入 6 ；
Command (m for help): p 注：再查看一下硬盘分区情况，看是否删除了？
3.删除完全后，新建分区
Command (m for help): n 注：增加一个分区；
后面很easy，最后保存退出：Command (m for help): w
4.最后用Windows系统登录，格式化移动磁盘成Windows常见磁盘格式即可。