系统命令要独占地控制系统，并让一切正常工作。所有如 login（完成控制台用户身份验证阶段）或 bash（提供用户和计算机之间交互）之类的程序都是系统命令。因此，和它们有关的文件也特别重要。这一类别中有下列令用户和管理员感兴趣的文件。
/etc/lilo.conf 包含系统的缺省引导命令行参数，还有启动时使用的不同映象。您在 LILO 引导提示的时候按 Tab 键就可以看到这个列表。
/etc/logrotate.conf 维护 /var/log 目录中的*志文件。
/etc/identd.conf identd 是一个服务器，它按照 RFC 1413 文档中指定的方式实现 TCP/IP 提议的标准 IDENT 用户身份识别协议。identd 的操作原理是查找特定 TCP/IP 连接并返回拥有此连接的进程的用户名。作为选择，它也可以返回其它信息，而不是用户名。请参阅 identd 联机帮助页。
/etc/ld.so.conf “动态链接程序”（Dynamic Linker）的配置。
/etc/inittab 按年代来讲，这是 UNIX 中第一个配置文件。在一台 UNIX 机器打开之后启动的第一个程序是 init，它知道该启动什么，这是由于 inittab 的存在。在运行级别改变时，init 读取 inittab，然后控制主进程的启动。
/etc/termcap 一个数据库，包含所有可能的终端类型以及这些终端的性能。
守护进程
守护进程是一种运行在非交互模式下的程序。一般来说，守护进程任务是和联网区域有关的：它们等待连接，以便通过连接提供服务。Linux 可以使用从 Web 服务器到 ftp 服务器的很多守护进程。
/etc/syslogd.conf syslogd 守护进程的配置文件。syslogd 是一种守护进程，它负责记录（写到磁盘）从其它程序发送到系统的消息。这个服务尤其常被某些守护进程所使用，这些守护进程不会有另外的方法来发出可能有问题存在的信号或向用户发送消息。
/etc/httpd.conf Web 服务器 Apache 的配置文件。这个文件一般不在 /etc 中。它可能在 /usr/local/httpd/conf/ 或 /etc/httpd/conf/ 中，但是要确定它的位置，您还需要检查特定的 Apache 安装信息。
/etc/conf.modules or /etc/modules.conf kerneld 的配置文件。有意思的是，kerneld 并不是“作为守护进程的”内核。它其实是一种在需要时负责“快速”加载附加内核模块的守护进程。
更改配置文件
在更改配置文件时，如果程序不是由系统管理员或内核控制的，就要确保重新启动过使用该配置的程序。普通用户通常没有启动或停止系统程序和／或守护进程的权限。
内核
更改内核中的配置文件会立即影响到系统。例如，更改 passwd 文件以增加用户将立即使该用户变为可用。而且任何 Linux 系统的 /proc/sys 目录中都有一些内核可调参数。只有超级用户可以得到对所有这些文件的写访问权力；其它用户只有只读访问权力。此目录中文件的分类的方式和 Linux 内核源代码的分类方式一样。此目录中的每个文件都代表一个内核数据结构，这些数据结构可以被动态地修改，从而改变系统性能。
注意：在更改其中任何文件的任何值之前，您应该确保自己全面了解该文件，以避免对系统造成不可修复的损害。
/proc/sys/kernel/ 目录中的文件
文件名
描述
threads-max
内核可运行的最大任务数。
ctrl-alt-del
如果值为 1，那么顺序按下这几个键将“彻底地”重新引导系统。
sysrq
如果值为 1，Alt-SysRq 则为激活状态。
osrelease
显示操作系统的发行版版本号
ostype
显示操作系统的类型。
hostname
系统的主机名。
domainname
网络域，系统是该网络域的一部分。
modprobe
指定 modprobe 是否应该在启动时自动运行并加载必需的模块。
守护进程和系统程序
守护进程是永远运行在后台的程序，它默默地执行自己的任务。常见的守护进程有 in.ftpd（ftp 服务器守护进程）、in.telnetd（telnet 服务器守护进程）和 syslogd（系统*志记录守护进程）。 有些守护进程在运行时会严密监视配置文件，在配置文件改变时就会自动重新加载它。但是大多数守护进程并不会自动重新加载配置文件。我们需要以某种方式“告诉”这些守护进程配置文件已经被发生了改变并应该重新加载。可以通过使用服务命令重新启动服务来达到这个目的（在 Red Hat Linux 系统上）。
例如，如果我们更改了网络配置，就需要发出：
service network restart。
注意：这些服务最常见的是 /etc/rc.d/init.d/* 目录中存在的脚本，在系统被引导时由 init 启动。所以，您也可以执行如下操作来重新启动服务：
/etc/rc.d/init.d/ start | stop | status
start、stop 和 status 是这些脚本接受的输入值，用来执行操作。
用户程序
用户或系统程序在每次启动时都会读取其配置文件。尽管如此，请记住，有些系统程序在计算机打开时情况不一样，它们的行为依赖于在 /etc/ 中的配置文件中读到的内容。所以，用户程序第一次启动时将从 /etc/ 目录中存在的文件读取缺省配置。然后，用户可以通过使用 rc 和 .（点）文件来定制程序，正如下面一节所示。
用户配置文件：.（点）文件和 rc 文件
我们已经看到怎样容易地配置程序。但是如果有的人不喜欢在 /etc/ 中配置程序的方式该怎么办呢？“普通”用户不能简单地进入 /etc 然后更改配置文件；从文件系统的角度来看，配置文件的所有者是 root 用户！这就是大多数用户程序都定义两个配置文件的原因：第一个是“系统”级别的，位于 /etc/；另一个属于用户“专用”，可以在他或她的主目录中找到。
例如，我在我的系统中安装了非常有用的 wget 实用程序。/etc/ 中有一个 /etc/wgetrc 文件。在我的主目录中，有一个名为 .wgetrc 的文件，它描述了我定制的配置（只有在我，也就是用户运行 wget 命令时，才会加载这个配置文件）。其它用户在他们自己的主目录（/home/other）中也可以有 .wgetrc 文件；当然，只有这些用户运行 wget 命令时，才会读取这个文件。换句话说，/etc/wgetrc 文件为 wget 提供了“缺省”值，而 /home/xxx/.wgetrc 文件列举了某个用户的“定制项”。重要的是这只是“一般规则”，并非所有情况都如此。例如，一个象 pine 一样的程序，在 /etc/ 中并没有任何文件，它只在用户主目录中有一个定制配置文件，名为 .pinerc。其它程序可能只有 /etc/ 中的缺省配置文件，而且可能不允许用户“定制”这些配置文件（/etc 目录中只有少数 config. 文件是这种情况）。
通常使用的 rc 和 .（点）文件
文件名
描述
~/.bash_login
请参考“man bash”。如果 ~/.bash_profile 不存在，bash 则将 ~/.bash_login 作为 ~/.bash_profile 处理。
~/.bash_logout
请参考“man bash”。在退出时由 bash 登录 shell 引用。
~/.bash_profile
由 bash 登录 shell 引用 /etc/profile 之后引用。
~/.bash_history
先前执行的命令的列表。
~/.bashrc
请参考“man bash”。由 bash 非登录交互式 shell 引用（没有其它文件）。除非设置了 BASH_ENV 或 ENV，非交互式 shell 不引用任何文件。
~/.emacs
启动时由 emac 读取。
~/.forward
如果这里包含一个电子邮件地址，那么所有发往 ~ 的所有者的邮件都会被转发到这个电子邮件地址。
~/.fvwmrc ~/.fvwm2rc
fvwm 和 fvwm2（基本的 X Window 管理器）的配置文件。
~/.hushlogin
请参考“man login”。引起“无提示”登录（没有邮件通知、上次登录信息或者 MOD 信息）。
~/.mail.rc
邮件程序的用户初始化文件。
~/.ncftp/ ncftp