我是在已有的Linux上安装一个Gentoo，所以其实有没有下载installation CD并不重要，只要下载了stage3的文件和portage就可以了。不过要确保系统中有chroot。我的系统中已经有LVM，所以我安装过程都是在LVM上的分区进行。
在mke2fs -t ext3 /dev/vg/gentoo_usr的时候出现invalid block count的错误，不知道原因。
但是通过mke2fs -j /dev/vg/gentoo_usr解决了问题，成功把/dev/vg/gentoo_usr格式化成ext3。
自己一共编译了两次内核，最终仍然没有成功的让编译出来的kernel成功的mount LVM上的root。
在编译中，涉及Power management的选项在我的台式机上会出现BUG，一共出现了两次。
a. 在启动的时候出现ACPI 相关BIOS的错误，后来通过去掉Power management中的APCI相关的选项去掉了这一问题。
b. 在启动的时候出现MP_BIOS bug: 8254 timer not connected to IO_ACPI错误，后来干脆把整个Power management的选项组都去掉了，因为这个在台式机上貌似没什么作用。然后问题解决。
在第一次kernel编译的时候，使用的是manually compilation的方式。make menuconfig之后直接make && make modules_install。同时LVM的模块是builtin的方式编译进内核。启动的时候出现invalid block device的问题不能挂载LVM上的跟分区。
然后直接使用genkernel initramfs --lvm all的方式，生成initramfs(initrd的新版本)。然后直接启动，出现在scanning modules的时候听在scanning sd_mod的地方然后不再动。怀疑是手动编译的问题，因为现在位置手动编译内核还不是太熟悉，对于有些选项应该是有些冲突的选项的。于是决定第2次重新编译内核，这次使用genkernel的方式。
在第二次编译内核的时候，使用genkernel --lvm --menuconfig all编译内核。在编译之后重新启动，仍然出现6里面的问题。由此怀疑是sd_mod的问题，进入原先的系统，用modinfo sd_mod查看这个模块的信息，是SCSI DISK的驱动，所以决定在启动的时候禁掉scsi设备的监测。
在启动的时候，进入grub之后，编辑gentoo内核的启动选项，增加 noscsi 参数。然后启动，顺利通过scanning modules步骤，但是在检测Volunm group和挂载Root的时候，仍然出错。这个时候可以通过ramfs里面的shell来查看一些ramfs里面的配置。
后来想清楚了之后，自己的硬盘是SATA口连接到电脑的，而一般SATA的硬盘都需要SCSI DISK的驱动，也就是sd_mod。也就是sd_mod如果不load的话，没有办法找出Volunm Group，所以也当然没有办法挂载在VG上的root分区了。
后来在ramfs里面的shell试着手动的modprobe sd_mod，症状和scanning的时候一样，也是会导致kernel 不动。由此得出问题是sd_mod的问题。在网上寻找答案，没有很确定的答案，可能是跟IDE跟新的SCSI驱动之间的编译出现了冲突导致。
在gentoo的official forums上求解了两天，在某人的帮助下终于解决了6中的问题。首先是尝试了将SCSI驱动编译成builtin的模块，这样在启动的时候在scanning之前kernel会有一些debug的输出。这样虽然仍然是停在了sda的监测中，但是由于在kernel的编译中选择了verbose的kernel输出，所以可以看到很多之前没有的信息。由此可以确定是在监测SATA的时候出了问题。然后根据坛子某人的提示，将BIOS中的SATA controller从all enabled改成SATA-1。然后就可以顺利启动了。原来这个问题是和BIOS中的SATA adapter有关，真是玄妙。