/usr是个很重要的目录，通常这一文件系统很大，因为所有程序安装在这里。/usr里的所有文件一般来自Linux发行版(distribution)；本地安装的程序和其他东西在/usr/local下，因为这样可以在升级新版系统或新发行版时无须重新安装全部程序。/usr目录下的许多内容是可选的，但这些功能会使用户使用系统更加有效。/usr可容纳许多大型的软件包和它们的配置文件。下面列出一些重要的目录(一些不太重要的目录被省略了)。
1. /usr/X11R6 包含XWindow系统的所有可执行程序、配置文件和支持文件。为简化X的开发和安装，X的文件没有集成到系统中。XWindow系统是一个功能强大的图形环境，提供了大量的图形工具程序。用户如果对Microsoft Windows或Machintosh比较熟悉的话，就不会对XWindow系统感到束手无策了。
2. /usr/X386
类似/usr/X11R6 ，但是是专门给X 11 Release 5的。
3. /usr/bin 集中了几乎所有用户命令，是系统的软件库。另有些命令在/bin或/usr/local/bin中。
4. /usr/sbin 包括了根文件系统不必要的系统管理命令，例如多数服务程序。
5. /usr/man、/usr/info、/usr/doc 这些目录包含所有手册页、GNU信息文档和各种其他文档文件。每个联机手册的“节”都有两个子目录。例如：/usr/man/man1中包含联机手册第一节的源码(没有格式化的原始文件)，/usr/man/cat1包含第一节已格式化的内容。L联机手册分为以下九节：内部命令、系统调
用、库函数、设备、文件格式、游戏、宏软件包、系统管理和核心程序。
6. /usr/include 包含了C语言的头文件，这些文件多以. h结尾，用来描述C语言程序中用到的数据结构、子过程和常量。为了保持一致性，这实际上应该放在/usr/lib 下，但习惯上一直沿用了这个名字。
7. /usr/lib 包含了程序或子系统的不变的数据文件，包括一些site-wide配置文件。名字lib来源于库(library); 编程的原始库也存在/usr/lib里。当编译程序时，程序便会和其中的库进行连接。也有许多程序把配置文件存入其中。
8. /usr/local 本地安装的软件和其他文件放在这里。这与/usr很相似。用户可能会在这发现一些比较大的软件包，如TEX、Emacs等。