由于Linux内核是自由、免费的，所以有很多人开发了基于Linux的操作系统，如果每个人都使用自己的目录配置方法，那么将可能会带来很多管理问题。所以，后来就有所谓的Filesystem Hierarchy Standard (FHS)标准的出炉了，它是由Linux基金会发布的Linux标准规范，以实现天下Linux的大统一。
根据FHS的官方文件指出， 他们的主要目的是希望让使用者可以了解到已安装软件通常放置于那个目录下， 所以他们希望独立的软件开发商、操作系统制作者、以及想要维护系统的用户，都能够遵循FHS的标准。FHS的重点在于规范每个特定的目录下应该要放置什么样子的数据。
FHS定义了在/（root 根目录）[与系统开机有关]下各个主要目录应该存放的主要文件内容，此外还专门定义了/usr(unix software resource)[与软件安装/执行有关]和/var(variable)[与系统运行有关]两个目录及其子目录的结构。这样当我们使用来自不同公司开发的Linux系统时，你就可以很快的在某个地方找到你想要的文件了。
根目录 (/) 的意义与内容
根目录是整个系统最重要的一个目录，因为不但所有的目录都是由根目录衍生出来的， 同时根目录也与开机/还原/系统修复等动作有关。 由于系统开机时需要特定的开机软件、核心文件、开机所需程序、 函数库等等文件数据，若系统出现错误时，根目录也必须要包含有能够修复文件系统的程序才行。 因为根目录是这么的重要，所以在FHS的要求方面，他希望根目录不要放在非常大的分区内，因为越大的分区，你就会放入越多的数据，如此一来根目录所在分区就可能会有较多发生错误的机会。
因此FHS标准建议：根目录(/)所在分区应该越小越好， 且应用程序所安装的软件最好不要与根目录放在同一个分区内，保持根目录越小越好。 如此不但效能较佳，根目录所在的文件系统也不容易发生问题。
因此FHS定义出根目录(/)底下应该要有底下这些次目录的存在
/bin 系统有很多存放执行文件的目录，但/bin比较特殊。因为/bin存放的是在单人维护模式下能够被操作的命令。在/bin底下的命令可以被root与一般账号所使用，主要有：cat, chmod, chown, date, mv, mkdir, cp, bash等等常用的命令。
/boot 这个目录主要在存放开机会使用到的文件，包括Linux核心文件以及开机选单与开机所需配置文件等等。Linux kernel常用的文件名为：vmlinuz，如果使用的是grub这个开机管理程序， 则还会存在/boot/grub/这个目录
/dev 在Linux系统上，任何设备与接口设备都是以文件的型态存在于这个目录当中的。 你只要通过存取这个目录底下的某个文件，就等于存取某个装备。 比要重要的文件有/dev/null, /dev/zero, /dev/tty, /dev/lp*, /dev/hd*, /dev/sd*等等
/etc 系统主要的配置文件几乎都存放在这个目录内，例如人员的账号密码文件、 各种服务的启始档等等。一般来说，这个目录下的各文件属性是可以让一般使用者查阅的，但是只有root有权力修改。比较重要的文件有： /etc/inittab, /etc/init.d/, /etc/modprobe.conf, /etc/X11/, /etc/fstab, /etc/sysconfig/ 等等。另外，其下重要的目录有：
/etc/init.d/：所有服务的预设启动脚本都是放在这里的 ?
/etc/xinetd.d/：这就是所谓的super daemon管理的各项服务的配置文件目录 ?
/etc/X11/：与 X Window 有关的各种配置文件都在这里，尤其是 xorg.conf 这个 X Server 的配置文件。
/home 这是系统默认的用户家目录(home directory)。在你新增一个一般使用者账号时， 默认的用户家目录都会规范到这里来。比较重要的是，家目录有两种代号： ~：代表目前这个用户的家目录
~dmtsai ：则代表 dmtsai 的家目录
/lib 系统的函数库非常的多，而/lib存放的则是在开机时会用到的函数库，以及
在/bin或/sbin底下的命令会呼叫的函数库而已。 什么是函数库呢？你可以将他想成是[外挂]，某些命令必须要有这些[外挂]才能够顺利完成程序的执行。尤其重要的是/lib/modules/这个目录， 因为该目录会存放核心相关的模块(驱动程序)
/media media是[媒体]的英文，顾名思义，这个/media底下存放的就是可移除的设备。 包括软盘、光盘、DVD等等设备都暂时挂载于此。常见的文件名有：/media/floppy, /media/cdrom等等。
/mnt 如果你想要暂时挂载某些额外的设备，一般建议你可以存放到这个目录中。 在早些时候，这个目录的用途与/media相同，只是有了/media之后，这个目录就用来暂时挂载用了。
/opt 这个是给第三方软件存放的目录。什么是第三方软件？ 举例来说，KDE这个桌面管理系统是一个独立的计划，不过他可以安装到Linux系统中，因此KDE的软件就建议存放到此目录下了。 另外，如果你想要自行安装额外的软件(非原系统提供的)，那么也能够将你的软件安装到这里来。 不过，我们常见的，还是习惯存放在/usr/local目录下。