Lotus Notes 会默认把用户数据存放在应用程序目录下的 Data 目录下，由于 Lotus Notes 通常会安装在 Windows 下的系统盘上，这种情况下可能不利于文件管理。推荐把用户把用户数据保存到独立于 Windows 系统盘的一个数据盘的指定目录下（譬如 D 盘下的 Data 目录）；这样不仅方便用户数据文件管理，也方便 Linux 进行 Windows 文件系统挂载与文件操作，还可以避免 Windows 系统盘上的文件因为 Linux 读写兼容性问题而发生损坏（特别是对于某些文本类型的配置文件，可能由于编码格式问题而导致乱码，进而影响使用）。
对于 Lotus Notes V8.5.1 用户而言，常用的密码有两个—— Notes ID 密码和 Sametime 密码。
对于 Notes ID 密码而言，如果用户选择把 Notes ID 文件复制到用户数据目录下的方式，那么两个平台下将会共享同一个密码（推荐方式）；如果把 Notes ID 文件存放在指定目录下，需要在两个平台上分别进行指定。
对于 Sametime 密码而言，由于 Sametime 的用户数据独立于 Lotus Notes 的用户数据，所以需要在不同平台下分别指定。需要特别提醒一点的，由于 Sametime 会自动尝试登陆，当用户在 Windows 下更改 Sametime 密码后，登录 Linux 后需要及时修改 Sametime 自动登录密码，否则容易造成多次错误登录，造成账户锁死。
Notes 中的一些配置需要通过指定路径来进行，这些路径可能是相对路径，也可能是绝对路径；这些配置可能保存在某个配置文件中，也可能保存在 Notes 的数据库里面。
相对路径是最为理想的一种方式，只要我们根据需要，为数据文件选择合适的目录存放，就可以在两个平台上随意切换；对于绝对路径，由于 Windows 和 Linux 有不通的路径格式，我们只能通过修改路径的方式来实现。对此，当这种配置信息存储在某个配置文件中时，我们可以通过在 Windows 和 Linux 上配置启动脚本，对配置信息进行修改来实现平台的切换。对于最后一种情况 —— 保存在 Notes 数据库中的绝对路径，就比较难处理了，譬如邮件签名档。
Lotus Notes 支持 Text 和 Html 两种格式的签名档，签名档的相关信息存储在 Email 数据库中。对于文本格式的签名档而言，两边都是一样的；但是对于更多人都喜欢的 Html 格式的签名档，当前 Lotus Notes 只支持绝对路径来指定 Html 文件。用户可以选择采用文本格式的签名档，或者在切换操作系统后手动指定路径。
对于某些 Notes 数据库，管理员可能开发了一些外部脚本，通过 Notes Script/Java 接口或者其他方式来调用。由于 Linux 和 Windows 支持的脚本类型不同，脚本的文件名也不一样，在实现某些功能的时候可能存在一些困难。
如果通过修改脚本来适应不同平台能够解决问题，那么只需要相对应的修改脚本就可以了；如果不可以，则推荐采用 Java 或者 IBM REXX Object 等格式的跨平台语言/脚本来解决。