"文件"是一组信息的集合。例如，备忘录或报告的文本信息、一组销售数据、一张图片、一首歌曲或者一个可执行程序。每个文件都以一个唯一的名字存放在存储设备上（如硬盘）。Linux以目录结构的方式组织文件，这里的目录类似于文件夹、文件柜。每个目录都具有一个名字，它可包含其他的文件和目录。目录按照一定的顺序组织在其他目录之下，形成了一种树状的组织形式。这种结构可使用户通过将相关文件放到一个目录下，实现对大量文件的管理。每个用户均拥有一个主目录，根据需要可在该目录下建立更多的子目录，如图1-2所示。
图1-2 Linux文件系统结构
标准为了便于系统管理和软件开发，一些人通过网络组织在一起，开发了Linux文件系统标准（FilesystemStandard，FSSTND），该标准逐渐演化为文件系统层次标准（FilesystemHierarchyStandard，FHS）。在采用这种标准之前，关键程序在不同的Linux发行版中所处的位置不同。现在，在装有Linux系统的机器上，很容易就可找到所需的标准程序。
链接Linux文件系统提供了链接机制，该机制使得一个给定的文件可以通过两个或多个不同的名字访问。链接文件与原来的文件可在相同的目录下，也可在不同的目录下。"链接"机制使得同一个文件可出现在不同的用户目录中，这使得用户之间能够方便地进行文件共享。Windows用户使用术语快捷方式代替链接来描述这种功能。Macintosh用户会更熟悉别名（alias）这一术语。在Linux下，别名不同于链接；别名是shell提供的一个命令宏特性。
安全与大部分多用户操作系统类似，Linux允许用户对各自的数据进行保护，以防止其他用户的访问。Linux也允许用户通过一种简单而有效的保护措施来与其他一些用户共享选定的数据和程序。这个安全级别可通过文件的访问权限来设定，其中文件的访问权限包括读、写和执行。最近，Linux内核已经加入了访问控制列表（AccessControlList，ACL），该表使用户和管理者可对文件访问权限进行较细粒度的控制。
