因此FHS标准建议：根目录(/)所在分区应该越小越好， 且应用程序所安装的软件最好不要与根目录放在同一个分区内，保持根目录越小越好。 如此不但效能较佳，根目录所在的文件系统也较不容易发生问题。说白了，就是根目录和Windows的C盘一个样。
根据以上原因，FHS认为根目录(/)下应该包含如下子目录：
/bin 目录系统有很多放置执行档的目录，但/bin比较特殊。因为/bin放置的是在单人维护模式下还能够被操作的指令。在/bin底下的指令可以被root与一般帐号所使用，主要有：cat,chmod(修改权限), chown, date, mv, mkdir, cp, bash等等常用的指令。
/boot 目录主要放置开机会使用到的档案，包括Linux核心档案以及开机选单与开机所需设定档等等。Linux kernel常用的档名为：vmlinuz ，如果使用的是grub这个开机管理程式，则还会存在/boot/grub/这个目录。
/dev 目录在Linux系统上，任何装置与周边设备都是以档案的型态存在于这个目录当中。 只要通过存取这个目录下的某个档案，就等于存取某个装置。比要重要的档案有/dev/null, /dev/zero, /dev/tty , /dev/lp, / dev/hd, /dev/sd*等等
/etc 目录系统主要的设定档几乎都放置在这个目录内，例如人员的帐号密码档、各种服务的启始档等等。 一般来说，这个目录下的各档案属性是可以让一般使用者查阅的，但是只有root有权力修改。 FHS建议不要放置可执行档(binary)在这个目录中。 比较重要的档案有：/etc/inittab，/etc/init.d/，/etc/modprobe.conf， /etc/X11/， /etc/fstab， /etc/sysconfig/等等。 另外，其下重要的目录有：/etc/init.d/ ：所有服务的预设启动script都是放在这里的，例如要启动或者关闭iptables的话： /etc/init.d/iptables start、/etc/init.d/ iptables stop
/etc/xinetd.d/ ：这就是所谓的super daemon管理的各项服务的设定档目录。
/etc/X11/ ：与X Window有关的各种设定档都在这里，尤其是xorg.conf或XF86Config这两个X Server的设定档。
这是系统预设的使用者家目录(home directory)。 在你新增一个一般使用者帐号时，预设的使用者家目录都会规范到这里来。比较重要的是，家目录有两种代号：
~ ：代表当前使用者的家目录，而 ~guest：则代表用户名为guest的家目录。
系统的函式库非常的多，而/lib放置的则是在开机时会用到的函式库，以及在/bin或/sbin底下的指令会呼叫的函式库而已 。 什么是函式库呢？你可以将他想成是外挂，某些指令必须要有这些外挂才能够顺利完成程式的执行之意。 尤其重要的是/lib/modules/这个目录，因为该目录会放置核心相关的模组(驱动程式)。
/media 目录media是媒体的英文，顾名思义，这个/media底下放置的就是可移除的装置。 包括软碟、光碟、DVD等等装置都暂时挂载于此。 常见的档名有：/media/floppy, /media/cdrom等等。
/mnt 目录如果你想要暂时挂载某些额外的装置，一般建议你可以放置到这个目录中。在古早时候，这个目录的用途与/media相同啦。 只是有了/media之后，这个目录就用来暂时挂载用了。
/opt 目录这个是给第三方软件放置的目录 。 举例来说，KDE这个桌面管理系统是一个独立的计划，不过他可以安装到Linux系统中，因此KDE的软件就建议放置到此目录下了。 另外，如果你想要自行安装额外的软件(非原本的distribution提供的)，那么也能够将你的软件安装到这里来。 不过，以前的Linux系统中，我们还是习惯放置在/usr/local目录下。
/root 目录系统管理员(root)的家目录。 之所以放在这里，是因为如果进入单人维护模式而仅挂载根目录时，该目录就能够拥有root的家目录，所以我们会希望root的家目录与根目录放置在同一个分区中。
/sbin 目录Linux有非常多指令是用来设定系统环境的，这些指令只有root才能够利用来设定系统，其他使用者最多只能用来查询而已。放在/sbin底下的为开机过程中所需要的，里面包括了开机、修复、还原系统所需要的指令。至于某些服务器软件，一般则放置到/usr/sbin/当中。至于本机自行安装的软件所产生的系统执行档(system binary)，则放置到/usr/local/sbin/当中了。常见的指令包括：fdisk, fsck, ifconfig, init, mkfs等等。
/srv 目录srv可以视为service的缩写，是一些网路服务启动之后，这些服务所需要取用的资料目录。 常见的服务例如WWW, FTP等等。 举例来说，WWW伺服器需要的网页资料就可以放置在/srv/www/里面。
/tmp 目录这是让一般使用者或者是正在执行的程序暂时放置档案的地方。这个目录是任何人都能够存取的，所以你需要定期的清理一下。当然，重要资料不可放置在此目录啊。 因为FHS甚至建议在开机时，应该要将/tmp下的资料都删除。
事实上FHS针对根目录所定义的标准就仅限于上表，不过仍旧有些目录也需要我们了解一下，具体如下：
/lost+found 目录