Linux并行集群的搭建

实验环境
OS:CentOS 5.10 x86_64(一台admin,两台计算节点)
主机名和和IP对应关系如下
admin: 192.168.78.11
node1:192.168.78.12
node2:192.168.78.13


软件版本:PBS
torque-3.0.6.tar.gz
maui-3.3.1.tar.gz
openmpi-1.8.1.tar.bz2
并行软件:
apoa1.tar.gz
NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore.tar.gz
 
一:环境配置
1.修改hosts文件,添加内容如下
192.168.78.11  admin
192.168.78.12  node1
192.168.78.13  node2


2.设置无密码访问
ssh-keygen一直按enter键即可,进入.ssh目录生成认证密码,并设置权限
[root@admin ~]#cd.ssh/
[root@admin.ssh]#ls
id_rsa id_rsa.pub
[root@admin.ssh]#cp id_rsa.pub authorized_keys
[root@admin.ssh]#chmod 600 authorized_keys
[root@admin.ssh]#ll
total 12
-rw------- 1rootroot  394 Aug 23 03:52 authorized_keys
-rw------- 1rootroot 1675 Aug 23 03:50 id_rsa
-rw-r--r-- 1rootroot  394 Aug 23 03:50 id_rsa.pub


3.然后复制.ssh目录到所有计算节点
 [root@admin~]# for i in 1 2 ; do scp -r /root/.ssh node$i:/root/ ; done
第一次要输入两台计算节点的root密码,以后都是无密码访问了


4.复制hosts文件到所有计算节点
[root@admin ~]#for i in 1 2 ; do scp /etc/hosts node$i:/etc/ ; done


5.配置nfs服务
把管理节点上的/export作为共享目录
[root@admin~]#mkdir -p /export/{apps,home,scripts,source}                  //其中apps为软件共享目录,home为共享家目录
[root@admin ~]#cat /etc/exports
/export  192.168.78.0/255.255.255.0(rw,sync)


6.启动nfs服务并检查启动是否成功
[root@admin~]#chkconfig portmap on ; /etc/init.d/portmap start
Startingportmap:                                        [ OK  ]
[root@admin~]#chkconfig nfs on ; /etc/init.d/nfs start
[root@admin~]#showmount -e localhost
Export listforlocalhost:
/export 192.168.78.0/255.255.255.0
[root@admin ~]#


7.配置autofs
[root@admin ~]#cat /etc/auto.master
/home/etc/auto.home  --timeout=1200
/share/ec/auto.share  --timeout=1200
[root@admin ~]#cat /etc/auto.share
*                                            admin:/export/&
[root@admin ~]#cat /etc/auto.home
*              -nfsvers=3            admin:/export/home/&
[root@admin ~]#


8.启动autofs服务
[root@admin~]#chkconfig autofs on ; /etc/init.d/autofs start


9.复制auto.master auto.share auto.home到所有计算节点
[root@admin ~]#for i in 1 2; do scp /etc/auto.master node$i:/etc/; done
[root@admin ~]#for i in 1 2; do scp /etc/auto.share node$i:/etc/; done
[root@admin ~]#for i in 1 2; do scp /etc/auto.home node$i:/etc/; done


10.启动autofs服务
[root@admin ~]#for i in 1 2; do ssh node$i /etc/init.d/autofs start; done
[root@admin ~]#for i in 1 2; do ssh node$i chkconfig autofs on; done


11.配置NIS服务
[root@admin ~]#yum -y install ypserv
[root@admin~]#nisdomainname linuxidcyf.com
[root@admin~]#echo "NISDOMAIN=linuxidcyf.com">>/etc/sysconfig/network
[root@admin ~]#cp /usr/share/doc/ypserv-2.19/securenets /var/yp/
[root@admin ~]#vi /var/yp/securenets
修改后内容如下
[root@admin~]#grep -v "^#" /var/yp/securenets
255.0.0.0                  127.0.0.0
255.255.255.0          192.168.78.0
[root@admin ~]#


12.启动NIS服务
[root@admin~]#/etc/init.d/ypserv start ;chkconfig ypserv on
Starting YP servers ervices:                              [ OK  ]
[root@admin~]#/etc/init.d/yppasswdd start ;chkconfig yppasswdd on
Starting YP passwd service:                              [ OK  ]
[root@admin ~]#


13.修改/etc/default/useradd文件
把HOME=/home更改为HOME=/export/home


14.在/etc/skel目录下创建.ssh目录并在.ssh目录下建立一个名为config的文件,设置如下
[root@admin~]#mkdir /etc/skel/.ssh
[root@admin~]#touch /etc/skel/.ssh/config
[root@admin ~]#cat /etc/skel/.ssh/config
StrictHostKeyChecking    no
UserKnownHostsFile        /dev/null
[root@admin~]#chmod 600 /etc/skel/.ssh/config


15.创建用于同步用户的命令
◆在/usr/local/sbin目录下创建了一个名为sync_users的脚本,内容如下:
#!/bin/bash
YPINIT=/usr/lib64/yp/ypinit
for USER in $(sed -n '/export/p' /etc/passwd | awk -F ":" '{print$1}')
do
                  if [ -z "$USER" ]; then
                          $YPINIT -m
                  else
                          usermod -d /home/$USER $USER
                fi
done
                $YPINIT -m
◆赋予可执行权限
chmod 755/usr/local/sbin/sync_users
◆以后执行sync_users命令就可以同步新创建的用户


16.创建一个测试用户linuxidc,并同步该用户
[root@admin~]#useradd linuxidc
[root@admin~]#echo linuxidc | passwd --stdin linuxidc
[root@admin~]#sync_users


注:以后每添加一个新用户,都需要执行sync_users命令

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