当文件系统被破坏时，如果使用的是ext2fs类型的文件系统，就可从软盘运行e2fsck命令来修正文件系统中被损坏的数据。对于其他类型的文件系统，可以使用相应的fsck命令。当从软盘上检查文件系统时，最好不要mount安装。
注：文件系统被破坏的常见原因是超级块被损坏，超级块是文件系统的“头部”。它包含文件系统的状态、大小和空闲磁盘块等信息。如果损坏了一个文件系统的超级块（例如不小心直接将数据写到了文件系统的超级块分区中），那么系统可能会完全不识别该文件系统，这样也就不能安装它了，即使采用e2fsck命令也不能处理这个问题。
不过，ext2fs类型的文件系统将超级块的内容进行了备份，并存放于驱动程序的块组（block group）边界。可以用命令通知e2fsck使用超级块的备份,e2fsck -b 8193是指文件系统所在的分区，-b 8193选项用于显示存放在文件系统中的8193块的超级块备份数据。
恢复丢失的文件
如果不小心删除了重要的系统文件，虽然没有办法直接恢复，但是还可以将相应的文件利用急救盘复制到硬盘上。例如，如果删除了文件/bin/login，此时系统无法正常运行到登录界面，可以用急救盘启动系统，将硬盘文件系统安装到/mnt目录下，然后使用如下命令：
#cp -a /bin/login /mnt/bin
其中 “-a”选项用于告诉cp在拷贝时保持文件的访问权限。 当然如果被删除的基本文件不在“急救盘组”中，也就不能用这种方法了。如果以前做过系统备份的话，那么也可以用以前的备份来恢复。