无论是Apache还是Nginx，php.ini都是适合的，而php-fpm.conf适合nginx+fcgi的配置
1、打开php的安全模式
PHP的安全模式是个非常重要的PHP内嵌的安全机制，能够控制一些PHP中的函数执行，比如system()，同时吧很多文件操作的函数进行了权限控制。
该参数配置如下
safe_mode = Off #是否启用安全模式。
打开时，PHP将检查当前脚本的拥有者是否和被操作的文件的拥有者相同。如上，默认的php.ini是没有打开安全模式的，我们把它打开如下：
safe_mode = On
2、用户组安全
当safe_mode打开时，safe_mode_gid被关闭，那么php脚本能够对文件进行访问，而且相同组的用户也能够对文件进行访问。建议设置为safe_mode_gid = Off。
如果不进行设置，可能我们无法对我们服务器网站目录下的文件进行操作了，比如我们需要对文件进行操作的时候。
3、关闭危险的函数
如果打开了安全模式，那么函数禁止是可以不需要的，但是我们为了安全还是考虑进去。比如，我们觉得不希望执行包括system()等在内的能够执行命令的PHP函数，或者能够查看PHP信息的phpinfo()等函数，那么我们就可以禁止它们，方法如下：
disable_functions = system,passthru,exec,shell_exec,popen,phpinfo
如果你要禁止任何文件和目录的操作，那么可以关闭很多文件操作。
disable_functions = chdir,chroot,dir,getcwd,opendir,readdir,scandir,fopen,unlink,delete,copy,mkdir,rmdir,rename,file,file_get_contents,fputs,fwrite,chgrp,chmod,chown
以上只是列出了部分比较常用的文件处理函数，也可以把上面执行命令函数和这个函数结合，就能够抵制大部分的phpshell了，该参数默认为disable_functions =
4、关闭PHP版本信息在http头中的泄露
为了防止黑客获取服务器中PHP版本的信息，可以关闭该信息泄露在http头中。
该参数默认配置如下：
expose_php = On
是否暴露PHP被安装在服务器上的事实（在http头中加上其签名）。它不会有安全上的直接威胁，但它使得客户端知道服务器上安装了PHP。建议设置为：
expose_php = Off
这样黑客就无法在客户端看到PHP的信息。
5、关闭注册全局变量。
在PHP中提交的变量，包括使用POST或者GET提交的变量，都将自动注册为全局变量，能够直接访问，这是对服务器非常不安全的，所以我们不能让它注册为全局变量，就把注册全局变量选项关闭。该参数默认配置如下：
register_globals = Off
打开该指令可能会导致严重的安全问题，除非你的脚本经过非常仔细的检查。
推荐使用预定义的超全局变量：$_ENV，$_GET，$_POST，$_COOKIE，$_SERVER，该指令受variables_order指令的影响。PHP6中已经删除此指令。建议设置为：
register_globals = Off
这样设置之后，获取对应变量的时候就要采用合理方式，比如获取GET提交的变量var，那么就要用$_GET[‘var’]来进行获取，这个是PHP程序员需要注意的。
提示：关闭此项可能会导致老的PHP程序出问题，请根据情况处理。
如果PHP程序没有指明需要register_globals的话，最好把register_globals设置为Off，这样可以避免很多安全问题。
举个例子，有一个这样的PHP文件片段叫做test.php
//前面的代码
if ($authorised) {
//执行一些受保护的动作
}
//其余的代码
}
?>
如果register_globals是打开的话，入侵者可以通过提交这样一个请求来绕过验证。
6、打开magic_quotes_gpc来防止SQL注入
SQL注入是非常危险的问题，轻则网站后台被入侵，重则整个服务器沦陷，所以一定要小心，php.ini中有一个设置。
magic_quotes_gpc = Off
这个默认是关闭的，如果它打开后将自动把用户提交对SQL的查询进行转换，比如把 ’ 转为 \’ 等，这对防止SQL注入有重大作用，所以我们推荐设置为：
magic_quotes_gpc = On
7、错误信息控制
一般PHP在没有连接到数据库或者其他情况下会有提示错误，一般错误信息中会包含PHP脚本当前的路径信息或者查询的SQL语句等信息，这类信息提供给黑客后是不安全的，所以一般服务器建议禁止错误提示。该参数默认配置如下：
display_errors = Off
是否将错误信息座位输出的一部分显示给终端用户。应用调试时可以打开，方便查看错误。在最终发布到web站点上，强烈建议关掉这个特性，并使错误日志代替（参照下面）。设置为：
display_errors = Off
如果确实是要显示错误信息，一定要设置显示错误的级别，比如只显示警告以上的信息。
error_reporting = E_WARNING & E_ERROR
8、错误日志
建议在关闭display_errors后能够把错误信息记录下来，便于查×××器错误的原因。
log_errors = On
同时也要设置错误日志存放的目录，建议跟Apache的日志存在一起。
error_log = /var/logs/php_error.log
注意：给的文件路径必须允许Apache用户和组具有写的权限。
9、部分资源限制参数优化。
9.1、设置每个脚本运行的最长时间
当无法上传较大的文件或者后台备份数据经常超时，每个脚本最大允许执行时间（秒），0表示没有限制。此时需要调整如下设置：
max_execution_time = 30