如果是虚拟主机，那么就需要在控制面板里或者ftp里设置下权限。
看下如下教程，这里就不多说了
还有就是vps或者服务器的安全教程
网站为什么频繁被黑呢？
我主要分析了两点，
一是管理人员不够勤快，每天不定时的检查下网站，检测下代码，尤其是生成的html页面，如果是盗取你的ftp的话，修改不了你的php文件，但是html页面是可以修改的，如果你好久不更新页面的话，他的黑链就挂在你的网站上了。
二是，主要就是vps的用户，ftp帐号开的太多，而且权限给的太多，或者密码太简单，导致被有心人利用修改你的文件。还有就是要定期的修改下密码，还有登录地址，都要定期修改下。