所有的操作系统都会产生磁盘碎片。这个碎片在官方资料中称为内部碎片。它是这样产生的，假设一个磁盘的空间有20k，它的基本存储单位为簇，设有两个文件，一个7k，一个1k。当簇的大小为4k时，磁盘分为了5个簇，两个文件共占用３个簇，即使用了12k，其中浪费地空间就是4k，也就是产生了内部碎片4k。因此：内部碎片主要是造成磁盘空间的浪费。请注意：windows的磁盘碎片整理功能所整理的碎片不是这个碎片，也无法对这个碎片进行操作，它所对应的碎片概念是外部碎片。
那么，可以对内部碎片进行优化处理吗？答案是肯定的。以上面的例子来说，如果把每一簇分成2k，那么20k的磁盘就分为了10个簇，7k和1k两个文件共占用了5个簇，10k的空间，浪费的空间，即内部碎片为2k。
由此可见，簇分的越小，所浪费的空间越少。这也是NTFS比FAT32优秀的一个地方。在Win 2000的FAT32文件系统的情况下,分区大小在2GB～8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB～16GB时簇的大小为8KB；分区大小在 16GB～32GB时,簇的大小则达到了16KB。而Win 2000的NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时,簇的大小都比相应的FAT32簇小;当分区的大小在2GB以上时(2GB～2TB),簇的大小都为4KB。相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
那么为什么文件系统不是把簇分的非常的小呢？这里就引出了另一个问题，文件访问查找的问题。还是以上面的例子说明，当我们要查找使用一个文件时，就需要通过页表来进行访问。打个比方，你住的地方就好比是文件所占用的簇，但是要找到你，就得通过你的住址来进行访问，而访问文件则是通过文件分配表。如果住的人多，地址也就很多，那么要查到你住的地址所花的时间也就很多。同样的道理，当簇分的越小，记录簇的地址也就越大，查找文件所在的簇所花的时间也就越多。当簇为4k时，簇的地址是５个，而簇为2k时，簇的地址是10个。因而簇的大小是在空间和时间上取得平衡的一个结果。
这里也对另一个问题作一些提示，有些第三方分区软件可以自定义簇的大小，建议采用默认值，否则会在某些情况下产生一些问题。