这个问题的答案很简单。如果你还能提交语句，就做吧。如果不能的话，你必须要杀掉线程开始回滚过程。那将停止 ibdata1 的增长，但是很显然，你的软件会出现漏洞，有些人会遇到错误。现在你知道如何去鉴定问题所在，你需要使用你自己的调试工具或普通的查询日志来找出谁或者什么引起的问题。
如果问题发生在清除线程，解决方法通常是升级到新版本，新版中使用一个独立的清除线程替代主线程。更多信息查看该文档
有什么方法回收已使用的空间么？没有，目前还没有一个容易并且快速的方法。InnoDB 表空间从不收缩...参见10 年之久的漏洞报告，最新更新自詹姆斯·戴（谢谢）：
当你删除一些行，这个页被标为已删除稍后重用，但是这个空间从不会被回收。唯一的方法是使用新的 ibdata1 启动数据库。要做这个你应该需要使用 mysqldump 做一个逻辑全备份，然后停止 MySQL 并删除所有数据库、ib_logfile、ibdata1 文件。当你再启动 MySQL 的时候将会创建一个新的共享表空间。然后恢复逻辑备份。
总结当 ibdata1 文件增长太快，通常是 MySQL 里长时间运行的被遗忘的事务引起的。尝试去解决问题越快越好（提交或者杀死事务），因为不经过痛苦缓慢的 mysqldump 过程，你就不能回收浪费的磁盘空间。
也是非常推荐监控数据库以避免这些问题。我们的 MySQL 监控插件包括一个 Nagios 脚本，如果发现了一个太老的运行事务它可以提醒你。
via: https://www.percona.com/blog/2013/08/20/why-is-the-ibdata1-file-continuously-growing-in-mysql/