所有的入口都从根目录下的index.php进入，确定应用所在目录后，加载 codeigniter/CodeIgniter.php 文件，该文件会顺序加载以下文件执行整个流程。
index.php：检测文件路径，加载codeigniter.php文件
codeigniter.php： 加载 Common/constants....文件。获取文件模式、设置计时器、实例化类（错误类、扩展类、钩子类、系统扩展、配置类、编码类、路由类、过程类、输出类、安全类、语言类、控制器）、加载请求方法、渲染输出view。
CodeIgniter的一个类会保存为一个php文件，类名与文件名同名，它的核心应用类会在类名前加"CI_"。
system/core/common.php：包含检测php版本、文件权限、加载核心类、获取配置参数、加载异常/错误类、获取http请求状态等公共函数
application/config/constants.php：设置文件权限常量、应用程序宏定义文件
system/core/Benchmark.php：用来记录执行时间
system/core/Hooks.php：检测是否有钩子对象调用
system/core/Config.php：为管理配置文件提供方法，检测application/config/config.php参数
application/config/config.php：配置全局参数
system/core/URI.php：解析url参数
system/core/Router.php：检测路由配置，解析 HTTP 请求，以确定谁来处理
system/core/Output.php：检查是否有缓存文件，如果存在则直接输出内容。
system/core/Input.php：过滤 HTTP 请求和任何用户提交的数据
system/core/Long.php：初始化提示语言变量
system/core/conctroller.php：控制输出类
默认程序不记录错误日志，如果有需要的话可以设置：
1、在application/config/config.php中设置：
$config['log_threshold'] = 1//(可设置：1/2/3/4)
如果为0表示不输出错误日志，具体可查看里面的介绍；
2、在需要写入错误的页面调用全局函数log_message('级别','消息')，级别有三个，一是error，即php运行错误，二是debug，系统调试，CI本身在很多页面也加了自己的系统debug，三是info，介绍运行中的一些消息，消息内容自己写；
3、默认情况下错误日志存放在application/logs/log-[time].php中，它按日期存放文件，比如：log-2011-6-26表示存入今天的日志内容，一般情况下为了隐藏日志内容须将这个地址挪位，可以在$config['log_path']中设置路径，按要求最好是完整路径信息。
设置自己的全局变量/配置：
有时需要定义自己的全过程变量以供在其它地方使用，如自定义的session等，在CI中这项工作也很轻松。
1、在application/config/中创建自己的config文件，注意存放文件位置。比如建立一个自己的配置文件mysetting.php，内容，
$config['try'] = 'this is my trying';
2、在需要调用自定义全局变量的地方使用$this->config->load('settingfile')函数，比如：
$this->config->load('mysetting');
如果有需要也可以通过application/config/autoload.php设置为自动加载。
3、接下来在同一页面中使用
$this->config->item('varname')
函数，比如：$this->config->item('try');会输出：this is my trying;
上面可以看出，CI中函数调用为：$this->filename的形式，也可以看出CI把整个系统看成一个大的类，然后通过加载、继承等方式获取相应方法。
更多自定义变量参考：
隐藏index.php与加载外部文件：
其实不管是在用CI还是ZF都有同样一个问题，就是路径的问题。前期，我在用ZF做CMS时，我在.htaccess文件中设置了如遇到js,css,img等资源文件都不重定向。但今天在用CI时，却忘记了，弄了半天都没搞好，登陆CI的中国官方网，终于在论坛高手的帮助下把问题觖决了，在这里把它贴出来，供大家分享。
首先，隐藏url中的index.php文件，这样访问其它目录的时候就不会有的样式出现，面是直接形式，在根目录.htaccess文件里设置（作用是隐藏index.php，有时index.php可能不在根目录，则htaccess须移到index.php所在目录），如下：
RewriteEngine on RewriteCond $1 !^(index\.php|images|js|css|robots\.txt) #这里排除了images、js、css目录及index.php、robots.txt文件 RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
这里JS,CSS,IMG等资源文件夹与SYSTEM文件夹放在同一级下，独立放置的好处是不用受htaccess的限制，因为htaccess文件写明Deny from all，即拒绝访问。打开application/config/config.php改写配置：
$config['base_url'] = "http://127.0.0.1/"; $config['index_page'] = "index.php";
如果