文件系统与目录树
在dos-windows体系中，每个磁盘或硬盘分区有独立的根目录，并且用唯一的驱动器标识符表示，如A:，C:等。
而linux的文件系统则不一样，它采用了一种虚拟文件系统技术，使不同的磁盘和分区组合成一个整体。单个磁盘或硬盘分区构成单独的文件系统（可以是fat、NTFS等等格式的），有其各自的目录树结构。但是，在操作系统能够使用这些文件系统之前，必须通过称为“挂装”的操作将单独的文件系统附加到虚拟文件系统的某一个子目录上——也就是说这个子目录就是实际文件系统的根，通过访问这个子目录来访问该分区或磁盘。如此操作，最终可使所有的文件系统结合成一个无缝的统一整体，组织到一个大的树型目录结构中。该目录树的顶部是一个单独的根目录，名为root，用/表示。根目录下是一些标准的子目录和文件。
在文件系统模型中，仍然体现了linux的设计哲学，即将不同的文件系统组合成一个有机的整体，进而为用户提供一致的文件系统结构。
对大多数Linux发行版本而言，文件系统的目录树布局遵循FSSTND标准，这有利于编写或移植软件，同时也有利于进行系统管理和维护。
完整的目录树可划分为小的部分，这些小部分又可以单独的存放在自己的磁盘或者分区上。这样相对稳定的部分和经常变化的部分可以单独放在不同的分区里，从而方便了备份和系统管理。目录树的主要部分有root（/）、/usr、/var、/home等等。下面是一个典型的linux目录结构如下：
/ 根目录
/bin 存放必要的命令
/boot 存放内核以及启动所需的文件等
/dev 存放设备文件
/etc 存放系统的配置文件
/home 用户文件的主目录，用户数据存放在其主目录中
/lib 存放必要的运行库
/mnt 存放临时的映射文件系统，我们常把软驱和光驱挂装在这里的floppy和cdrom子目录下。
/proc 存放存储进程和系统信息
/root 超级用户的主目录
/sbin 存放系统管理程序
/tmp 存放临时文件的目录
/usr 包含了一般不需要修改的应用程序，命令程序文件、程序库、手册和其它文档。
/var 包含系统产生的经常变化的文件，例如打印机、邮件、新闻等假脱机目录、日志文件、格式化后的手册页以及一些应用程序的数据文件等等。建议单独的放在一个分区。
典型的/usr目录如下：
/X11R6 存放X window系统
/bin 存放增加的用户程序
/dict 存放字典
/doc 存放追加的文档
/etc 存放设置文件
/games 存放游戏和教学文件
/include 存放C开发工具的头文件
/info 存放GNU信息文件
/lib 存放库文件
/local 存放本地产生的增加的应用程序
/man 存放在线帮助文件
/sbin 存放增加的管理程序
/share 存放结构独立的数据
/src 存放程序的源代码
由于/usr中的文件不和特定的计算机相关，也不会在通常使用中修改，因此可以通过网络共享这个目录（文件系统），这样，当管理员安装了新的软件之后，所有共享这一文件系统的计算机均可以使用新的软件。