大股东操纵股东大会，干预银行正常经营，通过各种方式进行利益输送
股权结构是决定商业银行治理机制有效性的最重要因素，决定着商业银行控制权的分布，决定着所有者与经营者之间委托代理关系的性质。但在实际运作过程中，由于“明天系”的“一股独大”，导致包商银行股东大会没有发挥科学、民主决策的作用。包商银行机构股东有79户，持股比例为97.05%，其中，明确归属明天集团的机构股东有35户，持股比例达89.27%，远超50%的绝对控股比例。由于股权过于集中，大股东很容易根据“一股一票”和“资本多数表决”原则“合法地”操纵股东大会，使股东大会成为大股东主导的决策机构，股东大会“形式化”或“走过场”，成了大股东干预和掏空包商银行的合法外衣，股东监督机制名存实亡。2005年以来，明天集团通过大量的不正当关联交易、资金担保及资金占用等手段进行利益输送，包商银行被逐渐“掏空”，造成严重的财务与经营风险，直接侵害其他股东及存款人的利益。清产核资结果显示，2005年至2019年的15年里，“明天系”通过注册209家空壳公司，以347笔借款的方式套取信贷资金，形成的占款高达1560亿元，且全部成了不良贷款。
董事会形同虚设，缺乏全面有效的风险管理体系，风险管控职能失效，核心作用被董事长个人取代
董事会在公司法人治理结构中处于核心地位，其运作质量与效率直接影响公司治理水平的高低。董事会能否积极履行包括战略管理、风险管理、资本管理、内部控制在内的关键职能，对于商业银行公司治理机制的完善有着重要的意义。
然而，长期以来，包商银行董事会形同虚设，董事长“一言堂”问题严重，董事会各项运作机制成了摆设，风险管控失效，不合规、不合法的企业文化盛行。尽管包商银行董事会下设了9个专业委员会，但2011年以来，包商银行通过关联交易控制委员会、业务经营委员会等，对多项关联交易作出不当决策，董事会实际上为大股东明天集团进行利益输送起到了“助力”作用。根据接管组掌握的情况，在2015年12月二级资本债“募集说明书”中披露的董事会13人名单里，有相当数量的董事并不参与决策，对重大违规决策也不提出反对意见；甘于被收买，只拿钱不尽责，甚至凭借特殊关系和名气，替人站岗放哨，站台背书。
至于董事会下设的风险管理委员会等，也并未实质性地行使风险决策和把关职能，各种风险控制岗位形同虚设，从上至下不受内部控制约束，风险管理部门职能被完全弱化。比如，包商银行实行事业部制，总行风险管理部门既无在总行层面的决策权或“一票否决权”，也无权对全行风险管理工作实现垂直领导，风险管理部的制衡和专业判断作用完全丧失。还比如，总行管理部门常以业务信息保密为借口，阻碍审计项目开展，导致内部审计部门难以履职。“明天系”和董事长的所谓“特殊业务”对内部审计保密，不允许审计，审计监督完全失效；对审计检查发现的其他问题，也不了了之，间接地为“内部人控制”和“大股东控制”提供了滋生土壤。