删除自带不常用的文件夹如\install、\special、\member。
以及\data\vote、\include\payment、\include\qrcode、\data\payment、data\mail、\plus\guestbook、\plus\task、\uploads\media、\uploads\soft、\uploads\userup
删除自带不常用的文件如：
\dede\下的ad_开头、album_开头、baidunews.php、cards_开头、co_开头、feedback开头、group_开头、mail_开头、media_开头、shops_开头、soft_开头、story_开头、vote_开头的PHP文件及对应的html。
\plus\下除count.php、list.php、view.php、search.php、flink_add.php、flink.php其余都可以删除。
删除\data\admin\ver.txt。
2、目录权限不建议用户把栏目目录设置在根目录， 原因是这样进行安全设置会十分的麻烦， 在默认的情况下，安装完成后，目录设置如下：
(1) data、templets、uploads、a或5.3的html目录， 设置可读写，不可执行的权限;
(2) 不需要专题的，建议删除 special 目录， 需要可以在生成HTML后，删除 special/index.php 然后把这目录设置为可读写，不可执行的权限;
(3) include、member、plus、后台管理目录 设置为可执行脚本，可读，但不可写入(安装了附加模块的，book、ask、company、group 目录同样如此设置)。
3、其它需注意问题(1) 虽然对 install 目录已经进行了严格处理， 但为了安全起见，我们依然建议把它删除;
(2) 不要对网站直接使用MySQL root用户的权限，给每个网站设置独立的MySQL用户帐号，许可权限为：
SELECT, INSERT , UPDATE , DELETE
CREATE , DROP , INDEX , ALTER , CREATE TEMPORARY TABLES由于DEDE并没有任何地方使用存储过程，因此务必禁用 FILE、EXECUTE 等执行存储过程或文件操作的权限。
4、设置目录的权限对于会用 Linux 的用户，相信大多数都已经懂得这些东西。
(1) 设置目录为只读
(2) 设置目录不允许执行
设置不允许执行脚本
此外还需要注意问题是，不管IIS还是Apache都不要把.php和.inc文件加入mime中，这样系统会禁止下载这些文件。