3、严格审计：系统登录用户管理
在进入Linux系统之前，所有用户都需要登录，也就是说，用户需要输入用户账号和密码，只有它们通过系统验证之后，用户才能进入系统。
与其他Unix操作系统一样，Linux一般将密码加密之后，存放在/etc/passwd文件中。Linux系统上的所有用户都可以读到/etc/passwd文件，虽然文件中保存的密码已经经过加密，但仍然不太安全。因为一般的用户可以利用现成的密码破译工具，以穷举法猜测出密码。比较安全的方法是设定影子文件/etc/shadow，只允许有特殊权限的用户阅读该文件。
在Linux系统中，如果要采用影子文件，必须将所有的公用程序重新编译，才能支持影子文件。这种方法比较麻烦，比较简便的方法是采用插入式验证模块(PAM)。很多Linux系统都带有Linux的工具程序PAM，它是一种身份验证机制，可以用来动态地改变身份验证的方法和要求，而不要求重新编译其他公用程序。这是因为PAM采用封闭包的方式，将所有与身份验证有关的逻辑全部隐藏在模块内，因此它是采用影子档案的最佳帮手。
此外，PAM还有很多安全功能：它可以将传统的DES加密方法改写为其他功能更强的加密方法，以确保用户密码不会轻易地遭人破译;它可以设定每个用户使用电脑资源的上限;它甚至可以设定用户的上机时间和地点。
Linux系统管理人员只需花费几小时去安装和设定PAM，就能大大提高Linux系统的安全性，把很多攻击阻挡在系统之外。
4、设定：用户账号安全等级管理
除密码之外，用户账号也有安全等级，这是因为在Linux上每个账号可以被赋予不同的权限，因此在建立一个新用户ID时，系统管理员应该根据需要赋予该账号不同的权限，并且归并到不同的用户组中。
在Linux系统中的部分文件中，可以设定允许上机和不允许上机人员的名单。其中，允许上机人员名单在/etc/hosts.allow中设置，不允许上机人员名单在/etc/hosts.deny中设置。此外，Linux将自动把允许进入或不允许进入的结果记录到/var/log/secure文件中，系统管理员可以据此查出可疑的进入记录。
每个账号ID应该有专人负责。在企业中，如果负责某个ID的职员离职，管理员应立即从系统中删除该账号。很多入侵事件都是借用了那些很久不用的账号。
在用户账号之中，黑客最喜欢具有root权限的账号，这种超级用户有权修改或删除各种系统设置，可以在系统中畅行无阻。因此，在给任何账号赋予root权限之前，都必须仔细考虑。
Linux系统中的/etc/securetty文件包含了一组能够以root账号登录的终端机名称。例如，在Red Hat Linux系统中，该文件的初始值仅允许本地虚拟控制台(rtys)以root权限登录，而不允许远程用户以root权限登录。最好不要修改该文件，如果一定要从远程登录为root权限，最好是先以普通账号登录，然后利用su命令升级为超级用户。
5、谨慎使用：“r系列”远程程序管理
在Linux系统中有一系列r字头的公用程序，比如rlogin，rcp等等。它们非常容易被黑客用来入侵我们的系统，因而非常危险，因此绝对不要将root账号开放给这些公用程序。由于这些公用程序都是用.rhosts文件或者hosts.equiv文件核准进入的，因此一定要确保root账号不包括在这些文件之内。
由于r等远程指令是黑客们用来攻击系统的较好途径，因此很多安全工具都是针对这一安全漏洞而设计的。例如，PAM工具就可以用来将r字头公用程序有效地禁止掉，它在/etc/pam.d/rlogin文件中加上登录必须先核准的指令，使整个系统的用户都不能使用自己home目录下的.rhosts文件。
6、限制：root用户权限管理
Root一直是Linux保护的重点，由于它权力无限，因此最好不要轻易将超级用户授权出去。但是，有些程序的安装和维护工作必须要求有超级用户的权限，在这种情况下，可以利用其他工具让这类用户有部分超级用户的权限。sudo就是这样的工具。
sudo程序允许一般用户经过组态设定后，以用户自己的密码再登录一次，取得超级用户的权限，但只能执行有限的几个指令。例如，应用sudo后，可以让管理磁带备份的管理人员每天按时登录到系统中，取得超级用户权限去执行文档备份工作，但却没有特权去作其他只有超级用户才能作的工作。
sudo不但限制了用户的权限，而且还将每次使用sudo所执行的指令记录下来，不管该指令的执行是成功还是失败。在大型企业中，有时候有许多人同时管理Linux系统的各个不同部分，每个管理人员都有用sudo授权给某些用户超级用户权限的能力，从sudo的日志中，可以追踪到谁做了什么以及改动了系统的哪些部分。
值得注意的是，sudo并不能限制所有的用户行为，尤其是当某些简单的指令没有设置限定时，就有可能被黑客滥用。例如，一般用来显示文件内容的/etc/cat指令，如果有了超级用户的权限，黑客就可以用它修改或删除一些重要的文件。