这个困扰了我好久的问题终于解决，其中的原理也终于弄清楚了，总之是利用sudo来赋予Apache的用户root的执行权限，下面记录一下：
利用php利用root权限执行shell脚本必须进行以下几个步骤：（所有步骤都是我亲自实验，若有不妥可指出，谢谢！）
1. 确定一下你的Apache的执行用户是谁。注：不一定就是nobody，我自行安装的httpd，我的Apache的用户就是daemon
2. 利用visudo为你的Apache执行用户赋予root执行权限，当然还有设置无密码。注：为了安全起见，这里最好是新建一个用户，让他作为Apache的执行用户即可(修改httpd.conf文件，后面我会指出)
3. 这步就简单了，编写你的脚本，利用php的exec,system...函数来执行。
接下来就是详细的实现过程：
1. 查看一下你的Apache的执行用户是谁： lsof -i:80 运行之后的结果为：
从图中我们可以清楚的看到，httpd(也就是Apache)的执行用户为：exec_shell(注：这是我本机上改过之后的用户，只是用来说明一下，你的肯定不是这个！)
lsof 就是 List of file 的缩写，就是列出当前系统打开文件的工具，关于他具体的使用方法可参考： 说的比较不错
确定了你的Linux上Apache的执行者是谁，下面为了安全起见，新建一个用户将Apache的执行用户修改为我们新建的用户。
2. 新建Apache的执行用户
useradd your_exec_user 我们知道创建用户的时候都会默认创建一个用用户名同样的用户组，也就是说现在我们也有一个your_exec_user的用户组
下面我们修改一下Apache的配置文件，使它的执行用户改为我们刚才新建的这个用户your_exec_user :
vi /home/houqingdong/httpd-exe/config/httpd.conf(这个是你的Apache所在的目录位置)
找到下面的地方，修改为你新建的用户：your_exec_user
重新启动Apache： /home/houqingdong/httpd-exe/bin/apachect1 restart -------------> 重启完之后你可以利用：lsof -i:80 查看一下。
3. 执行visudo(或者是 vi /etc/sudoers) , 为your_exec_user赋予root权限，并且不需要密码，还有一步重要的修改(我被困扰的就是这个地方)
visudo 找到这个地方，添加your_exec_user，并且设置无需密码
我之前的时候，做完这里就去执行php脚本去了，结果一直创建不成功，而且很郁闷的是我切换到your_exec_user用户下直接执行是可以执行成功的。
后来，查看了一下Apache的日志文件，发现：
这里明显看出，在执行sudo的时候说必须要有一个tty去运行sudo ， 知道问题出在哪里问题就好解决了： vi /etc/sudoers 将下面的这句注释掉：
这是因为默认的情况下，执行sudo需要一个终端，这里注释掉就可以了。接下来，写你的shell脚本和php命令吧