总体来说计算机病毒对Linux系统存在较小的危险。但是由于各种原因在企业应用中往往是Linux和Windows操作系统共存形成异构网络。在服务器端大多使用Linux和Unix的，桌面端使用Windows 。所以为Linux的防范病毒策略分成两个部分：
1． 针对Linux本身（服务器和使用其作为桌面的计算机）防范策略。
可执行文件型病毒、蠕虫（worm）病毒、脚本病毒的防范通过安装GPL查杀病毒软件基本可以防范。服务器端可以使用f－prot它是工作在命令行下的，运行时可以较少占用系统资源。桌面用户可以选择tkantivir是用Tcl/Tk写的，可以运行在任何X-Windows环境下面，比如KDE或Gnome等。
对于后门程序防范可以采用LIDS和Chkrootkit，LIDS是Linux内核补丁和系统管理员工具(lidsadm)，它加强了Linus内核。可以保护dev/目录下的重要文件。而Chkrootkit可以检测系统的日志和文件，查看是否有恶意程序侵入系统，并且寻找关联到不同恶意程序的信号。最新版本的Chkrootkit0.45可以检测出sniffers、Trojans、worms、rootkit等59种。
此外对于Linux服务器来说运行的软件大都是开源软件，而且都在不停升级，稳定版和测试版交替出现。在 等网站上，最新的ChangeLog中都写着：bug fix, security bug fix的字样。所以Linux系统管理员要经常的关注相关网站的bug fix和升级，及时升级或添加补丁。千万不要报侥幸心理，否则一个Shell脚本就可能拿下你的网站。套用一句名言：你的服务器永远可能在第二天被黑客接管。
2.针对使用Linux服务器后端的Windows系统的病毒防范策略。
许多企业使用代理服务器接入互联网，许多用户Windows系统进行都是在进行HTTP网页浏览和文件下载时感染病毒，所以可以在代理服务器上加挂一个病毒过滤器，对用户浏览的HTTP网页进行病毒检测，发现有用户浏览网页感染病毒的状况即由代理服务器进行阻断，丢弃带有病毒的请求，将不安全的进程阻止在代理服务器内，禁止带有病毒的数据向客户端计算机传播。
squid是一款非常优秀的代理服务器软件，但是并没有专门的病毒过滤功能。可以考虑使用德国开放源码爱好者开发的一款基于Linux的病毒过滤代理服务器——HAVP，HAVP病毒过滤代理服务器软件既可以独立使用，也可以与Squid串联（）使用，增强Squid代理服务器的病毒过滤功能。提供邮件服务是Linux服务器中重要应用。可以使用ClamAV，ClamAV 全名是 Clam AntiVirus，它跟Liunx一样强调公开程序代码、免费授权等观念，ClamAV 目前可以侦测超过40,000 种病毒、蠕虫、木马程序，并且随时更新数据库，有一组分布在世界各地的病毒专家，24小时更新及维护病毒数据库，任何人发现可疑病毒也可以随时跟她们取得 联系，立刻更新病毒码，在极短的时间内，网络上采用ClamAV的邮件服务器就完成最新的防护动作。