我用到的NDK版本是:Android-ndk-1.6_r1.目录为: D:\android\android-ndk-1.6_r1
我们在Cygwin目录中的(/home/username)下找.bash_profile文件，并在文件的尾部加入代码：
NDK_ROOT=/cygdrive/d/android/android-ndk-1.6_r1
export NDK_ROOT
保存，如果你是中文版的Windows系统，可能在记事本或者写字板的保存是gb2312形式的，但是在linux下的文件需要的是UNIX，所以最好在把文件的编码方式改为UNIX，这里可以用到的软件很多，比如我用的是:UltraEdit.
完成，重新启动Cygwin，进入NDK_ROOT：cd $NDK_ROOT
输入命令：build/host-setup.sh
如果有以下显示，则说明配置成功NDK
之后就可以开发android ndk的程序了，在ndk的目录中有4个demo，在Cygwin的NDK目录中可以输入
make APP=hello-jni，他会先找到apps\hello-jni中的Application.mk，按照其中的配置信息进行编译，如果重新编译，则：make APP=hello-jni -B，之后会在apps/hello-jni/project/libs/armeabi文件夹下面生成so文件，最后就可以把这个hello-jni工程导入Eclipse中，编译即可看到在jni文件夹下面.c文件中返回的值。