WuFTD从1994年就开始就不断地出现安全漏洞，黑客很容易就可以获得远程root访问（Remote Root Access）的权限，而且很多安全漏洞甚至不需要在FTP服务器上有一个有效的帐号。最近，WuFTP也是频频出现安全漏洞。
它的最好的替代程序是ProFTPD。ProFTPD很容易配置，在多数情况下速度也比较快，而且它的源代码也比较干净（缓冲溢出的错误比较少）。有许多重要的站点使用ProFTPD。sourceforge.net就是一个很好的例子（这个站点共有3,000个开放源代码的项目，其负荷并不小啊！）。一些Linux的发行商在它们的主FTP站点上使用的也是ProFTPD，只有两个主要Linux的发行商（SUSE和Caldera）使用WuFTPD。
ProFTPD的另一个优点就是既可以从inetd运行又可以作为单独的daemon运行。这样就可以很容易解决inetd带来的一些问题，如：拒绝服务的攻击（denial of service attack），等等。系统越简单，就越容易保证系统的安全。
WuFTPD要么重新审核一遍全部的源代码（非常困难），要么完全重写一遍代码，否则WuFTPD必然要被ProFTPD代替。
Telnet
Telnet是非常非常不安全的，它用明文来传送密码。它的安全的替代程序是OpenSSH。OpenSSH在Linux上已经非常成熟和稳定了，而且在Windows平台上也有很多免费的客户端软件。Linux的发行商应该采用OpenBSD的策略：安装OpenSSH并把它设置为默认的，安装Telnet但是不把它设置成默认的。
对于不在美国的Linux发行商，很容易就可以在Linux的发行版中加上OpenSSH。美国的Linux发行商就要想一些别的办法了（例如：Red Hat在德国的FTP服务器上（ftp.RedHat.de）就有最新的OpenSSH的rpm软件包）。Telnet是无可救药的程序。要保证系统的安全必须用OpenSSH这样的软件来替代它。