由于NoClassDefFoundError是LinkageError的子类，而LinkageError的错误在依赖其他的类时会发生，所以如果你的程序依赖原生的类库和需要的dll不存在时，有可能出现java.lang.NoClassDefFoundError。这种错误也可能抛出java.lang.UnsatisfiedLinkError: no dll in java.library.path Exception Java这样的异常。解决的办法是把依赖的类库和dll跟你的jar包放在一起。
如果你使用Ant构建脚本来生成jar文件和manifest文件，要确保Ant脚本获取的是正确的classpath值写入到manifest.mf文件
Jar文件的权限问题也可能导致NoClassDefFoundError，如果你的程序运行在像linux这样多用户的操作系统种，你需要把你应用相关的资源文件，如Jar文件，类库文件，配置文件的权限单独分配给程序所属用户组，如果你使用了多个用户不同程序共享的jar包时，很容易出现权限问题。比如其他用户应用所属权限的jar包你的程序没有权限访问，会导致java.lang.NoClassDefFoundError的错误。
基于XML配置的程序也可能导致NoClassDefFoundError的错误。比如大多数Java的框架像Spring，Struts使用xml配置获取对应的bean信息，如果你输入了错误的名称，程序可能会加载其他错误的类而导致NoClassDefFoundError异常。我们在使用Spring MVC框架或者Apache Struts框架，在部署War文件或者EAR文件时就经常会出现Exception in thread “main” java.lang.NoClassDefFoundError。
在有多个ClassLoader的J2EE的环境中，很容易出现NoClassDefFoundError的错误。由于J2EE没有指明标准的类加载器，使用的类加载器依赖与不同的容器像Tomcat、WebLogic，WebSphere加载J2EE的不同组件如War包或者EJB-JAR包。关于类加载器的相关知识可以参考这篇文章类加载器的工作原理。
总结来说，类加载器基于三个机制：委托、可见性和单一性，委托机制是指将加载一个类的请求交给父类加载器，如果这个父类加载器不能够找到或者加载这个类，那么再加载它。可见性的原理是子类的加载器可以看见所有的父类加载器加载的类，而父类加载器看不到子类加载器加载的类。单一性原理是指仅加载一个类一次，这是由委托机制确保子类加载器不会再次加载父类加载器加载过的类。现在假设一个User类在WAR文件和EJB-JAR文件都存在，并且被WAR ClassLoader加载，而WAR ClassLoader是加载EJB-JAR ClassLoader的子ClassLoader。当EJB-JAR中代码引用这个User类时，加载EJB-JAR所有class的Classloader找不到这个类，因为这个类已经被EJB-JAR classloader的子加载器WAR classloader加载。
这会导致的结果就是对User类出现NoClassDefFoundError异常，而如果在两个JAR包中这个User类都存在，如果你使用equals方法比较两个类的对象时，会出现ClassCastException的异常，因为两个不同类加载器加载的类无法进行比较。