在Windows系统中， 我们启动系统之后就会看到 C, D, E, 盘符，它们分别对应硬盘上的三个分区，增加硬盘，或者分区，会导致盘符的增加（注意由于历史原因， A, B 用于表示软驱，硬盘分区盘符从 C 开始按字母递增），这里的每个分区都各自可以被格式化为不同的文件系统（这里的文件系统，包括例如 NTFS 格式， FAT32 格式等)，文件系统的基本功能就是为了存放文件的，不同文件系统区别一般在于管理其中存放的文件的功能的强弱，所以分区被格式化成指定格式的文件系统之后，就可以存放任何文件和目录了，我们看到的 C, D, E 内容也就对应了硬盘中相应分区的数据内容。
但是，与Windows中把硬盘分区看成 C, D, E 盘符不同， Linux 中最开始根本就没有硬盘的概念，就只有一个纯粹的 虚拟文件系统。如果想要使用哪个硬盘的某个分区，就把那个分区 “挂载” 到某个子目录之下，这样硬盘中的分区，文件系统，目录等内容就呈现到了那个子目录里面。也就是说，在 Linux 中，我们使用硬盘中的数据，实际是先把硬盘的某个分区 “挂载” 到某个子目录下，然后通过那个子目录来访问的。这个例子中， 通常硬盘会对应 虚拟文件系统中的/dev/sda （如有多个硬盘，则为 /dev/sda, /dev/sdb, ……， 按字母递增）, 其三个分区对应 /dev/sda1, /dev/sda2,/dev/sda3 （多个分区按数字递增，不同硬盘的分区，对应为 /dev/sdb1, /dev/sdb2 等等）, 默认硬盘各个分区会被挂载到 虚拟文件系统系统中类似 /mnt/sda1/, /mnt/sda2/, /mnt/sda3/ 的目录（在 Linux 又叫挂载点）中，在/etc/fstab 文件中，我们可以找到分区文件和挂载点的对应关系描述。这样，硬盘相应的分区就做为整个 虚拟文件系统根目录下的一颗子树，反映到了子目录（挂载点）上，子目录中的内容就对应分区中的数据。
假设访问上述硬盘第三个分区 dir1 目录中的文件 test.file
Window系统上的路径：E:\dir1\test.file Linux系统上的路径：/mnt/sda3/dir1/test.file再有，假设用户安装和卸载一个程序 firefox ：
Windows系统中
指定或不指定安装路径类似，程序的安装目录会在 C:\Program Files\Firefox 类似的目录中，或指定的安装路径中； 可执行文件一般在程序的安装路径；依赖的内部库、第三方库、和系统库可能在安装路径中，也可能在C:\Windows\System32, 或 C:\Windows\system 等类似的路径；而程序访问期间的系统和用户配置文件和产生的输入输出文件，可能会在安装路径配置中，或者在 C:\Windows\ 下的某些文件中（比如注册表数据库文件、用户目录等），这就不一定了。而且不同的系统版本，应用程序版本下，这些目录的具体名称和路径可能会有所不同。卸载的时候由于不确定哪些地方安装了什么内容，很容易造成文件删除补全，遗留系统垃圾等现象，造成系统越来越瘫肿。
Linux 系统中
如果不指定安装路径，所有程序的可执行文件在 /usr/bin 中， 全局配置文件在 /etc/firefox 类似的目录， 用户配置文件一般在用户主目录的 .firefox 的路径下(用户主目录路径名称统一格式为 /home/<username>) ，依赖的内部库和第三方库在 /usr/lib, 系统库在 /lib 下， 数据文件一般就在用户主目录下。 如果指定安装目录，那么所有内部库和可执行程序，全局配置文件，会在 <安装路径> 下的 bin, lib, etc 子目录下，其它文件一般和默认情况相同。卸载程序之时，只需在对应目录中，将可执行文件、内部库、配置文件、数据文件删除即可，基本没有不确定是否遗留垃圾文件的问题。这些都是大多数应用程序安装的和访问的默认策略，就像是不成文的业界标准，不排除有个别程序不安装这种策略部署应用，但是 Linux 用户带来 “麻烦“ 的应用，早晚也会被淘汰，不可能会流行在 Linux 系统中，这样，自然的，好的应用都保存在 Linux 系统中并逐渐流行起来，还不会破坏系统结构。
可见， Linux 文件的存放和组织明显方式更高效，层次更分明。
优缺点基于上述内容，Windows和 Linux 文件系统的各有优缺点分别如下。
Windows系统优点
优点主要是用户存放东西的位置比较自由，系统结构简单便于新用户上手。
Windows系统缺点
缺点较多主要有：
目录组���缺乏标准