由于对“系统文件”和“用户文件”存放位置缺乏细致的规定，数据组织的方式显得比较凌乱，并且两种文件之间很容易相互干扰（例如数据文件可能存放在系统区域给系统带来垃圾文件等）。
用户的使用经验对系统的使用效率影响很大
一般来说，我们使用Windows时候合理使用分区会提升的系统效率。例如根据需要设置合理的系统分区（假设为C 分区），尽量少往 C 盘存放数据文件，根据具体情况可以将一些 “重要并且常用的” 程序安装在 C 分区，随时保持系统目录的清洁和大小助于提升系统的运行速度，用户安装的一般软件尽量不要安装在 C 盘，安装软件时候指定的位置最好采用默认标准目录名称（例如 X:\Program Files 目录，这里 X 表示盘符而不要自己定义一些奇怪名字的目录，这样便于软件的维护等等。
共享不便
Windows上有经验的用户们会将自己的目录结构组织好，但是每个用户组织自己内容的方式是不一样的，所以他的机器上哪里存放了什么内容，别人很难知道，为共享带来了麻烦。
Linux 系统缺点
最开始 虚拟文件系统中的每个子目录的功能是事先规定好了的，我们需要事先知道那些目录存放哪些文件，然后在相应的位置中创建自己的内容，这也是 Linux 系统入门门槛高的一个原因。当然，最开始的新手，也完全可以无视这一点，可以像Windows那样随意地创建目录和文件（尽管不推荐这么做）。
实际上最开始的目录也不多，主要就那么几个，花不了多长时间就会明白它们的作用的，而明白这些作用之后带来的好处，远不止付出那么多（本文后面 常用的重要目录 (See section 1.2.1) 会着重对此进行介绍）。
Linux 系统优点
这里只说几个优点：
目录结构反映系统运行机理
当我们了解了这些目录的功能之后，我们对整个 Linux 操作系统的运行机理也会有一个大致的了解。
结构清晰避免逻辑混乱
这样的目录结构，有助于我们以一种高效的方式组织自己的数据，分类清晰并且不会对系统运行有任何影响，规定了最开始每个目录的功能，并没有限制我们的自由，因为我们知道我们可以在哪里创建自己的子目录并且在子目录中任意创建自己的文件。
组织规范便于共享
由于目录具有统一的组织结构，所以 Linux 上面的用户在共享数据的时候，能够很容易地猜测出他所需要的数据大致存放在什么位置，同时也不会影响到私有数据的保密性，毕竟具体来说，怎么存放自己的私有数据，那是用户自己决定的。
Linux 上面的虚拟文件系统目录组织实质上，我们启动系统所看到的 “根目录” ，逻辑上是 Linux 虚拟文件系统的根目录中的一个子目录，我们看不到除了这个 “根目录” 以外的其他的目录，那些目录和操作系统的具体实现相关是被操作系统内核隐藏起来了的，所以这里就介绍我们所能看到的文件系统中的 “根目录” 的各个子目录中的作用吧。
在 Linux 文件系统中的每一个子目录都有特定的目的和用途。一般都是根据 FHS 标准定义一个正式的文件系统结构的，这个标准规定了哪些目录应该哪些作用。这里我们先介绍一些日常经常用到的目录，然后给出 FHS 相关的内容。