SETTLE约束算法的批量化处理

SETTLE约束算法的批量化处理

在前一篇文章中介绍了SETTLE约束算法在分子动力学模拟中的应用,本文通过用Jax的Vmap功能对SETTLE函数进行了扩维,使得其可以批量的计算多分子体系的约束条件。这里采用的案例是一个含有16个水分子(48原子)的小体系,从结果中可以看到,在随机移动和批量SETTLE的作用下,所有的水分子都保留了原始的键长和键角,简单理解这个过程就是一个刚体三角形的平移和旋转的过程。

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