ATLAS + NumPy + SciPy + Theano 的Python科学计算环境搭建(2)

(1) cd ATLAS
  (2) 删除原配置:rm -rf atlas_build
  (3) 重新配置ATLAS:参考 step 2,并设置 --with-netlib-lapack=/data4/open_src/lapack-3.2.2/lapack_LINUX.a
  (4) 在atlas_build中进行编译:make build
      ps:这个过程相当漫长,耐心等待!!
  (5) check编译结果:
      make check
      make ptcheck (对于多核服务器)
      make time
      ps:如果check过程中没有报错,则可以放心进行以后的步骤;如果出现报错,也可以尝试进行后续步骤,是否成功就要靠人品了。
  (6) 编译动态库:
      cd lib
      make shared
      make ptshared (对于多核服务器)
      cd ..
      如果在 lib 下面出现libatlas.so, libcblas.so, libf77blas.so, liblapack.so, libptcblas.so, libptf77blas.so 这6个动态库文件,则表示编译成功
  (7) 安装ATLAS:make install
      由于之前设置了--prefix=~/.local 因此ATLAS将被安装到 ~/.local/lib 中
  (8) cp ./lib/*.so ~/.local/lib
  (9) 设置环境变量:在~/.bashrc中添加 export LD_LIBRARY_PATH=~/.local/lib:$LD_LIBRARY_PATH 并执行 source ~/.bashrc

step 5. 安装NumPy

(1) 解压 tar -xvzf numpy-1.7.1.tar.gz
  (2) cd numpy-1.7.1
  (3) 拷贝生成sit.cfg: cp site.cfg.example site.cfg
  (4) 配置site.cfg:
      1> 打开[DEFAULT],并设置 library_dirs 和 include_dirs ,使得在编译的时候能够找到atlas库
          library_dirs = ~/.local/lib
          include_dirs = ~/.local/include
      2> 打开[blas_opt],并设置 libraries
          libraries = ptf77blas, ptcblas, atlas
      3> 打开[lapack_opt],并设置 libraries
          libraries = lapack, ptf77blas, ptcblas, atlas
      ps:如果在ATLAS安装过程中,没有生成libptf77blas和libptcblas,则需要设置两个libraries为
          libraries = f77blas, cblas, atlas
          libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas
  (5) 利用python构建NumPy:python setup.py build
  (6) 利用python安装NumPy:python setup.py install --prefix=~/.local
  (7) 安装完成后,NumPy被安装在 ~/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy
  (8) 设置环境变量:在~/.bashrc中添加 export PYTHONPATH=~/.local/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH 并执行 source ~/.bashrc

step 6. 安装SicPy

(1) 解压: tar -xvzf scipy-0.12.0.tar.gz
  (2) cd scipy-0.12.0
  (3) 设置site.cfg: 可以直接将NumPy的site.cfg拷贝到当前目录中
  (4) 利用python构建SciPy:python setup.py build
  (5) 利用python安装SciPy:python setup.py install --prefix=~/.local
  (6) 安装完成后,SciPy被安装在 ~/.local/lib/python2.7/site-packages/scipy
 
step 7. 安装Theano

有了以上的准备后,安装Theano就是一个非常简单的过程了。直接利用python就可以完成安装:
  (1) 解压:tar -xvzf Theano-0.6.0rc3.tar.gz
  (2) cd Theano-0.6.0rc3
  (3) python setup.py install --prefiex=~/.local
  (4) 安装完成后,SciPy被安装在 ~/.local/lib/python2.7/site-packages/Theano-0.6.0rc3-py2.7.egg

至此,完成了ATLAS + NumPy + SciPy + Theano的python科学计算环境的搭建

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