11. Copy /boot/.bashrc to your own .bashrc
# 以上安装是在root下进行的，也可以在普通用户下进行安装
#最终的普通用户下的.bashrc 文件：
# /home/yuanxh/.bashrc
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# intel icc
source /home/soft/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64
export MKL_HOME=/home/soft/intel/mkl
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# amber11
export AMBERHOME=/home/soft/amber11
export PATH=$PATH:/home/soft/amber11/bin
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
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# openmpi
export MPI_HOME=/home/soft/openmpi
export PATH=/home/soft/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/soft/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
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# fftw
export CPPFLAGS=-I/opt/fftw3/include
export LDFLAGS=-L/opt/fftw3/lib
export FFTW_LOCATION=/opt/fftw3
export FFTW3F_LIBRARIES=/opt/fftw3/lib
export FFTW3F_ROOT_DIR=/opt/fftw3
export FFTW3F_INCLUDE_DIR=/opt/fftw3/include
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# Gromacs-4.5.5
export PATH=$PATH:/home/soft/gmx/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/soft/gmx/lib
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# VMD
export PATH=$PATH:/home/soft/vmd/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/soft/vmd/lib
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12.注意事项与其他说明
*注1：如果机器是64位的，那么安装的软件也要求是64位的。
*注2：查看机器是什么系统的，例如：mips、intel、 opteron。编译器根据不同的CPU类型有不同的选择，intel核心建议使用intel的编译器，opteron核心建议使用pgi的编译器。强烈不推荐gnu的编译器，运行效率太低。Opteron一般不支持intel编译器，所以可选择gnu或pgi编译器。保证编译并行库和AMBER时使用相同的编译器和相同的编译选项。
*注3：编译时要使用相同的编译选项，要么都编成32位的，要么都编成64位的。不能并行库编成32位，而AMBER编成64位，反之亦然。
*注4：并行库有OpenMPI，LAM和MPICH等，OpenMPI比较好用。同时，MPICH支持1000兆网速，不支持Inifiband高速网，在高性能机上，采用并行，选择OpenMPI，如果在一般的集群，可采用MPICH
*注5：如果采用pgi编译器，有一个针对不同CPU的选项（-tp），要格外注意，编译前可以使用man帮助系统查看一下。AMBER9所附带的netcdf库似乎有个问题。这个库的Makefile文件独立于AMBER生成的config.h，因而在某些体系下会出现配置不一致的情况，导致链接时找不到库函数的定义。解决办法就是手工修改netcdf目录下的Makefile文件，使它的编译器、编译和链接选项与AMBER的生成文件一致。这个问题好像只在pgi/opteron的情况下遇见过。
*注6.注意测试并行版前要设置一下环境变量，比如： export DO_PARALLEL =‘mpirun -np 4’ ，根据不同的机器其实际参数不一样。
*注7：configure_openmpi所支持的OPENMPI版本为1.4.2和1.4.3
*注8：MKL这次支持10.0或11.0系列版本。如果使用的是9.0系列或更早的版本，在configure的时候需要加上-oldmkl参数
*注9：并行器的参数进行了简化，不管用什么并行器，参数均为-mpi（前提是设置好环境变量）
*注10: PMEMD在Amber11中不用单独安装
Caffe + Ubuntu 14.04 64bit + CUDA 6.5 配置说明
Ubuntu 12.04配置NVIDIA CUDA5.5实录
关于Ubuntu 12.04 下 CUDA5.5 的安装请参看如下链接 Ubuntu 12.04 安装 CUDA-5.5