在保护与建设问题上，我国积累了很多经验。马春雷说：“怎样把生态保护与建设发展有机结合起来，我们还在探索更多破题的方法。”总体上希望示范区实现“有风景的地方要有创新经济”，但又不能依靠扩大建设用地规模来发展，这是由示范区生态基底决定的。在规划过程中，希望在不增加建设用地总规模、保护好江南水乡的生态环境基础上，植入一些与生态发展基底相匹配、真正的生态友好型产业。
马春雷说，两省一市正在开展一些尝试，比如浙江的祥符荡科创中心、江苏的汾湖新城高新产业发展、上海青浦金泽地区的华为研发中心布局等，都是基于这样的考虑。“我们希望能够走出一条新的发展道路，在必要的要素投入基础上，依靠更加有经济密度、有质量和含金量的产业，推动经济更高质量发展。能够把保护和建设有机结合起来。”目前，长三角生态绿色一体化发展示范区面临的问题，第一是行政区划不能成为发展的障碍，《关于支持长三角生态绿色一体化发展示范区高质量发展的若干政策措施》就是为解决这个问题而制定的；第二是保护和发展，生态绿色和发展不能成为一对矛盾，示范区要实现真正生态友好型经济目标。
马春雷说，“在未来的发展目标上，我们畅想示范区生态绿色应该成为底色，创新经济应该成为亮色，古镇文化是彩色，色彩斑斓、绚丽多彩。希望经过若干年的群策群力，十年、二十年后，实现这一目标”。