问题二：计时有问题
Linux支持多个时钟源（clock source），在多核或多cpu构架下，Linux一般会使用APIC内的时钟，此时它会将传统的8253/8254（PIT）关掉。从此系统不再计时。在单核单cpu构架下，Linux也会设置PIT为一种慢速状态，因此不经BIOS重启后，时钟会变慢。
因此还得按照实模式下AT构架的计算机来设置PIT的0通道，使之产生一个约为18.3Hz的脉冲通向IRQ0。
解决了这两个问题，估计我的Linux重启再也用不上BIOS了。但是，尝试着重启到Windows却出现问题了——启动时蓝屏，而且错误为IRQL_NOT_EQUAL_OR_LESS。为了解决这个问题，我翻阅了大部分Linux启动、关机相关的代码，查阅了Windows资料（微软这方面资料一般是说设备或驱动有问题，让你去找Manufacturer）。期间又发现了两个看似无关、其实相关的问题：无法重启进入带CDROM驱动的DOS，而且进入了不带CDROM的DOS后CPU速度相当慢。
问题三：不经BIOS重启后CPU速度超级慢
我在重启后的DOS下用speed测速软件测，CPU的主频相当于只有60MHz左右，而真实情况是我的CPU是2GHz双核。翻阅了大量Intel的资料也没找出问题所在。而且发现重启后Linux解压内核的时间很长，一般是瞬间闪过的解压提示，要在那停留20多秒，但是过了那道坎Linux的速度就恢复了。
后来一次偶然的机会，我将GRUB由0.4.2升级为0.4.4，居然可以启动Windows和带CDROM的DOS，而且CPU速度恢复了！比较了GRUB源码，发现了问题所在。
原来那段real_mode_swich代码是这样来切入实模式的：andl $0x00000011,%eax；orl $0x60000000,%eax ；movl %eax,%cr0，注释中也有类似的说明：“ Sets CD and NW, to disable the cache on a 486, and invalidates the cache.”。以往从来没注意，那条粗体指令居然禁用了CD和NW两个位，而这两位是用来控制缓存的。也就是说，缓存被禁用后，CPU读写内存数据是直接操纵内存，测得的60MHz是禁用了整台计算机的缓存系统后的核心系统速度。去掉这段黑体指令就万事OK了。
GRUB0.4.2和Windows只开启PE和PG，而无视其他的位。Linux很聪明，将CD和NW都恢复成0了所以Linux基本不受影响，除了解压内核。
五、其他注意事项
解决了上面几个问题后，基本上再没发现什么问题了。在解决问题的时候还补充了多个环节，比如关掉A20等。A20只影响实模式系统，运行于保护模式的操作系统都会在启动的时候把它打开。