一些部门落实生态环境保护一岗双责还有差距。北京市规划和自然资源委等部门未按国家要求制定“十三五”期间地质环境恢复和综合治理规划，矿山修复缺乏规划统领。截至2019年底，全市仍有未治理废弃矿山636处，总面积约1994公顷。北京市永定河综合治理和生态修复办公室等部门推动工作不力，部分永定河综合治理与生态修复重点工程开工延期近两年。此外，京平物流枢纽铁路专用线应于2020年建成投运，但至督察时仍处于规划和预可研阶段。
二是破解超大城市生态环境难题力度仍然不够。北京市对环境基础设施建设重视不够、谋划不力、投入不足，结构性、布局性矛盾突出。垃圾分类工作推动落实不够，前端分类不到位，导致后端处理处置被动。截至督察时，全市共有各类垃圾处理设施44座，近三分之一超负荷运行；垃圾渗滤液处理能力严重不足，仅阿苏卫、丰台和安定等3座垃圾填埋场积存渗滤液就高达48.8万吨。全市现有日处理能力超过1万吨的污水处理厂67座，有10座运行负荷率低于30%，但同时又有多座超负荷运行，不平衡、不协调问题突出；占全市处置能力71%的城区5座污泥处置中心总体负荷率仅为58%，而大量郊区污泥处置设施能力又严重不足，违规处置问题时有发生。北京山水青环保科技有限公司长期违规处置，甚至非法填埋平谷洳河污水处理厂产生的污泥，当地长期放任不管。
生态环境管理精细化程度还不够高。督察期间，督察组收到很多反映乱倒建筑垃圾举报，经核实基本属实。全市城乡结合部和郊区，以及市政、水利、拆迁和园林绿化等工地扬尘污染问题普遍，抽查发现，扬尘治理措施不到位、车辆冲洗设备无法使用等问题不同程度存在。移动源的PM2.5贡献率占到全市45%，但市交通等部门工作深度不够，全市仍有约5万辆国Ⅲ柴油货车违规上路行驶，检测场所甚至仍对其正常开展检测。
在环保为民方面与群众期待还有差距。多家垃圾填埋场异味扰民，群众投诉居高不下，市城管委、市环卫集团以及所在地方政府虽然积极推动问题整改，但持续用力不够，统筹整治不力，问题没有得到根治。噪声污染问题处置不力。督察期间收到噪声污染问题举报598条，占到举报总量的23.5%。朝阳区富力城小区变电站距离居民楼最近仅15米，噪声严重扰民，直到督察进驻后才实施整改。另外，近年来北京市新建大量郊区绿地，但在一些人口集中的城乡结合部又存在废林废绿、绿地围封等情况，未能“还绿于民”。
三是督察还发现一些需引起重视的生态环境问题。北京市水务局等部门和相关地方推进地下水减采工作不到位，全市地下水违规超采问题依然突出。华能北京热电厂三期扩建项目、大兴区大东社区、通州区潞城镇运潮物业均存在违规取用地下水问题，仅华能北京热电厂三期扩建项目2017—2019年就累计取用地下水1271万立方米。全市自备井置换工作滞后，2020年要求完成277个单位自备井置换，但至督察时仅完成47个。由于工作不到位，朝阳、通州、房山、平谷等地2019年地下水位较上年仍在下降。
北京市饮用水水源地管理仍有薄弱环节。全市“千吨万人”规模以上乡镇水源地尚有15个未完成“划、立、治”，划定工作存在疏漏。潮白河应急水源地现有33眼井，自上世纪90年代启用至今未纳入保护名录。
2020年9月，中央第一生态环境保护督察组在北京市延庆区现场检查某企业危险废物贮存仓库
北京市发展改革、生态环境、卫生健康等部门对医疗废物处置设施建设统筹不力，全市医疗废物合规的日处置能力仅为105吨，与全市每日约130吨医疗废物产生量不匹配。2015年以来，北京市环卫集团建设的医疗废物应急处置项目配套污染治理设施简陋，但一直以应急名义运行至今，替代的医疗废物处置项目尚未开工建设。
督察还发现，北京市园林绿化局等部门对市级自然保护区建设和保护重视不够，划定的12处市级自然保护区有10处缺少总体规划。一些地方生态保护红线管控意识淡薄。门头沟区妙峰山镇政府未办理占地、环评等手续，擅自在生态保护红线内建设建筑垃圾临时处置设施，生产管理粗放，扬尘污染突出。
督察要求，北京市要坚决扛起生态文明建设和生态环境保护的政治责任。坚持生态优先、绿色发展，在协同推进经济高质量发展和生态环境高水平保护方面走在前、作表率。带头推进京津冀协同发展，持续疏解北京非首都功能，进一步推动绿色低碳循环发展；坚决抓好抓实督察整改，持续加强污染防治和生态修复治理，加快补齐环境基础设施短板，进一步提升城市精细化管理水平。要依规依纪依法严肃责任追究，对失职失责问题，要责成有关部门进一步深入调查，分清责任，并按有关规定严肃、精准、有效问责。对需要开展生态环境损害赔偿或需要提起公益诉讼的，应按有关规定办理。