Ubuntu 8.10上安装MPICH2并行计算环境

目录:
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1. 什么是MPICH2
2. 安装前的系统准备
3. 安装步骤
4. 设置环境变量
5. 添加mpd配置文件
6. 开始单机测试
7. 安装后配置(多机测试)
    (1) 修改/etc/hosts
    (2) 创建mpd.hosts
    (3) 配置SSH
    (4) 配置samba共享
    (5) 配置测试机器的环境变量
    (6) 开始测试
8. 并行程序运行测试
9. 成功运行的关键点
10. Troubleshooting
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1. 什么是MPICH2

Note: 这段摘自MPICH2官方网站:

MPICH2 is a high-performance and widely portable implementation of the Message Passing Interface(MPI) standard( both MPI-1 and MPI-2).

The goals of MPICH2 are:
    (1) to provide an MPI implementation that efficiently supports defferent computation and communication platforms including commodity clusters(desktop system, shared-memory systems, multicore architectures), high-speed networks(10 Gigabit Ethernet, InfiniBand, Myrinet, Quadrics) and proprietary high-end computing systems(Blue Gene, Cray).
    (2) to enable cutting-edge research in MPI through an easy-to-extend modular framework for other derived implementations.   

MPICH2 的源代码下载地址:

2. 安装前的系统准备

确保你的系统中已经安装了gcc和g++编译器, 以及g77或者gfortran编译器。你的系统中还需要安装Python 2.2 以上版本。

linuxidc@:~$ gcc --version
gcc (Ubuntu 4.3.2-1ubuntu12) 4.3.2
Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

linuxidc@:~$ g++ --version
g++ (Ubuntu 4.3.2-1ubuntu12) 4.3.2
Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

linuxidc@:~$ python -V
Python 2.5.2
linuxidc@:~$ gfortran --version
GNU Fortran (Ubuntu 4.3.2-1ubuntu12) 4.3.2
Copyright (C) 2008 Free Software Foundation, Inc.

GNU Fortran comes with NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
You may redistribute copies of GNU Fortran
under the terms of the GNU General Public License.
For more information about these matters, see the file named COPYING

另一个需要确认的就是,您当前的用户不是root用户。MPICH2的官方文档上面不推荐使用root用户进行安装。   

3. 安装步骤

标准的 configure, make, make install 步骤,非常简单!

linuxidc@:/home/zzm/Downloads/mpich2$ tar xzf mpich2-1.2.1.tar.gz
linuxidc@:/home/zzm/Downloads/mpich2$ cd mpich2-1.2.1/
linuxidc@:/home/zzm/Downloads/mpich2/mpich2-1.2.1$ ./configure --prefix=/home/zzm/bin/mpich2
(... 我保证你绝对不想看的非常多的输出)
linuxidc@:/home/zzm/Downloads/mpich2/mpich2-1.2.1$ make
(... 我保证你绝对不想看的非常多的输出)
linuxidc@:/home/zzm/Downloads/mpich2/mpich2-1.2.1$ make install
(... 我保证你绝对不想看的非常多的输出)

最后,复制examples文件夹到安装目录(mpich2安装的时候不会复制此目录,此目录中的内容供测试用)
linuxidc@:/home/zzm/Downloads/mpich2/mpich2-1.2.1$ cp -r examples/ /home/zzm/bin/mpich2/

安装结束!

4. 设置环境变量

添加下面这行到/etc/profile文件的最后,然后重新起动系统使环境变量永久生效。
    export PATH=/home/zzm/bin/mpich2/bin:$PATH

可以测试下看看环境变量是否已经设置好:
linuxidc@:~$ which mpd
/home/zzm/bin/mpich2/bin/mpd
linuxidc@:~$ which mpiexec
/home/zzm/bin/mpich2/bin/mpiexec
linuxidc@:~$ which mpirun
/home/zzm/bin/mpich2/bin/mpirun


5. 添加mpd配置文件

在当前用户的home目录下面新建立一个名为".mpd.conf"的配置文件,文件的内容如下应该包括下面这行:
    secretword=<secretword>
    比如:
linuxidc@:~$ more .mpd.conf
secretword=nicegiving

<secretword>是你的密钥,是每台机器进行连接并用建立并行环境互相信任的基础。
    接下来,需要设置该文件的存取权限,这步是必须的,否则在后面的运行中会报错。
linuxidc@:~$ chmod 600 .mpd.conf
linuxidc@:~$ ls -ll .mpd.conf
-rw------- 1 zzm 1003 22 2010-01-07 13:54 .mpd.conf

Note: 现在只需要在本机上面添加这个文件,但是到了多机并行测试的时候,需要在每台参加计算的机器上面都添加此文件,不要忘记了!   
   
6. 开始单机测试

如果你能得到下面的结果而且没有出现任何错误的话,说明你的MPICH2已经安装成功。
linuxidc@:~$ mpd &
[1] 22679
linuxidc@:~$ mpdtrace
zzm-desktop
linuxidc@:~$ mpdallexit
[1]+ Done                    mpd
linuxidc@:~$

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