于很多新手对安全问题了解不多，所以并不知道自己的计算机中了“木马”该怎么样清除。因此最关键的还是要知道“木马”的工作原理，这样就会很容易发现“木马”。
“木马”程序会想尽一切办法隐藏自己，主要途径有：在任务栏中隐藏自己，这是最基本的只要把Form的Visible属性设为False、ShowInTaskBar设为False，程序运行时就不会出现在任务栏中了。在任务管理器中隐形：将程序设为“系统服务”可以很轻松地伪装自己。
当然它也会悄无声息地启动，你当然不会指望用户每次启动后点击“木马”图标来运行服务端，，“木马”会在每次用户启动时自动装载服务端，Windows系统启动时自动加载应用程序的方法，“木马”都会用上，如：启动组、win.ini、
system.ini、注册表等等都是“木马”藏身的好地方。下面具体谈谈“木马”是怎样自动加载的。
在win.ini文件中，在[WINDOWS]下面，“run=”和“load=”是可能加载“木马”程序的途径，必须仔细留心它们。一般情况下，它们的等号后面什么都没有，如果发现后面跟有路径与文件名不是你熟悉的启动文件，你的计算机就可能中上“木马”了。当然你也得看清楚，因为好多“木马”，如“AOL Trojan木马”，它把自身伪装成command.exe文件，如果不注意可能不会发现它不是真正的系统启动文件。
在system.ini文件中，在[BOOT]下面有个“shell=文件名”。正确的文件名应该是“explorer.exe”，如果不是“explorer.exe”，而是“shell= explorer.exe 程序名”，那么后面跟着的那个程序就是“木马”程序，就是说你已经中“木马”了。
在注册表中的情况最复杂，通过regedit命令打开注册表编辑器，在点击至：“HKEY－LOCAL－MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”目录下，查看键值中有没有自己不熟悉的自动启动文件，扩展名为EXE。
