在Linux出现之初，由于其最初的优秀设计，似乎具有先天病毒免疫能力，所以当时有许多人相信不会有针对Linux的病毒出现，但是Linux终于也不能例外。1996年秋，澳大利亚一个叫VLAD的组织用汇编语言编写了据称是Linux系统下的第一个病毒的Staog，它专门感染二进制文件，并通过三种方式去尝试得到root权限。当然，设计Staog病毒只是为了演示和证明Linux有被病毒感染的潜在危险，它并没有对感染的系统进行任何损坏行动。
2001年，一个名为Ramen的Linux蠕虫病毒出现了。Ramen病毒可以自动传播，无需人工干预，虽然它没有对服务器进行任何破坏，但是它在传播时的扫描行为会消耗大量的网络带宽。Ramen病毒是利用了Linux某些版本(RedHat6.2和7.0)的rpc.statd和wu-ftp这两个安全漏洞进行传播的。
同年的另一个针对Linux的蠕虫病毒Lion则造成了实际的危害，当时Lion通过互联网迅速蔓延，并给部分用户的电脑系统造成了严重破坏。Lion病毒能通过电子邮件把一些密码和配置文件发送到互联网上的某个邮箱中，攻击者在收集到这些文件后就可能通过第一次突破时的缺口再次进入整个系统，进行更进一步的破坏活动，比如获机密信息、安装后门等。当用户的Linux系统感染了这个病毒，很有可能因为不能判断入侵者如何改动了系统而选择重新格式化硬盘。而且，一台Linux主机在感染了Lion病毒后就会自动开始在互联网上搜寻别的受害者。事后的反馈表明Lion病毒给许多Linux用户造成了的严重的损失。
其它Linux平台下病毒还有OSF.8759、Slapper、Scalper、Unux.Svat和BoxPoison等，当然，大多数普通的Linux用户几乎没有遇到过它们。这是因为直到目前，Linux上的病毒还非常少，影响的范围也很小。但随着Linux用户的增加，越来越多的Linux系统连接到局域网和广域网上，自然增加了受攻击的可能，可以预见到会有越来越多的Linux病毒出现，因此如何防范Linux病毒就成为每个Linux用户现在就应该开始注意的事情了。