用户在按照个人的实际需要完成对系统内核的设置之后，需要对新的系统内核进行编译。
用户在关闭所有打开的程序之后，在命令方式下输入“make bzImage”命令。该命令会自动完成对新系统内核的编辑，大约需要10到30分钟，具体时间取决于用户机器的性能。
编译完系统内核之后，返回到命令方式。这时如果出现报错信息，则表示用户对系统内核进行了错误的设置，例如没有启动某一个功能所必须的其它附加功能等。这时用户所能做的只能是从头开始，从新设置系统内核。
在顺利编译完新的系统内核之后，用户还需要对配置系统内核过程中设定的各种功能模块进行编译和安装。具体为：输入“make modules”命令，然后按回车。该命令将会完成对内核模块的编译。完成编译之后，输入“make modules_install”命令，该命令会自动安装已编译模块。
收尾工作
在完成了对新系统内核以及模块的编译之后，我们需要把新的系统内核复制到Linux的启动目录中。用户可以输入以下命令“cp arch/i386/boot/bzImage /boot/vmlinuz-mykernel”。此外，我们还需要对LILO进行相应的修改，以便使LILO在系统启动时能够找到新的系统内核。我们可以使用任何一种Linux系统下的文本编辑工具对LILO配置文件进行修改。这里我们使用pico文本编辑器。输入“pico /etc/lilo.conf”命令，启动pico编辑器，并载入LILO配置文件。找到“image=“项，用“/boot/vmlinuz- mykernel”替代该项的现有值。建议用户记下“image=“项的当前值，这样如果出现任何问题，就可以方便的恢复到安全设置。完成修改之后，按 Ctrl-X，选择“Y”然后回车，保存设置并退出pico编辑器。这样，我们已经完成了定制Linux系统内核的所有工作。重新启动机器再次进入Linux系统之后，用户将会感受到新的系统内核所带来的新的体验。