密码理论的研究重点是算法，包括数据加密算法、数字签名算法、消息摘要算法及相应密钥管理协议等。这些算法提供两个方面的服务：一方面，直接对信息进行运算，保护信息的安全特性：即通过加密变换保护信息的机密性，通过信息摘要变换检测信息的完整性，通过数字签名保护信息的抗否认性;另一方面，提供对身份认证和安全协议等理论的支持。
历史
按计算机密码学的发展历史来分，密码学的发展可以分为两个阶段。第一个阶段是计算机出现之前的4000年(早在4000年前，古埃及就开始使用密码传递消息)，这是传统密码学阶段，基本上靠人工对消息加密、传输和防破译。第二阶段是计算机密码学阶段。它又可以细分为两个阶段。第一阶段称为传统方法的计算机密码学阶段。此时，计算机密码工件者继续沿用传统密码学的基本观念，那就是：解密是加密的简单逆过程，两者所用的密钥是可以简单地互相推导的，因此无论加密密钥还是解密密钥都必须严格保密。这种方案用于集中式系统是行之有效的。计算机密码学的第二个阶段，包括两个方向：一个方向诗开密钥密码(RSA);另一个方向是传统方法的计算机密码体制——数据加密标准(DES)。
密码重要性—中途岛海战
1942年4月和5月期间，在美截获的日通讯中，有一个“AF”名称出现的频率和次数明显增多，罗奇福特少校领导的情报小组绞尽脑汁，终于在堆积如山的侦抄电文中找到一份日偷袭珍珠港时的电报，电文曾提到“AF”，说一架日水上飞机需要在“AF”附近的一个小珊瑚岛上加油。因此罗奇福特推断，“AF”只能是指中途岛。从而取得战役决定性胜利。