3. 质量控制一般是几个参数一起塞进一条plink语句中吗？如果不是，有步骤顺序要求吗（毕竟步骤不一样结果相差贼大）？
答案：可以塞进一条plink进行分析。正确的顺序是先执行样本QC， 再执行SNP 位点QC（这点可以看文献，基本都是这个顺序）:
1）先--mind --het --check；2）然后--hwe --geno --maf.
4. 如果要自己做Imputation，那么imputation之前的质量控制的步骤又有什么要求吗？如果没要求，那每种不同质控顺序得到的结果都不一样？答案：IMPUTATION质量控制所有参数与“方法1和2”一样。QC完一会再进行imputation，然后再次执行“方法1和2”的质量控制。